「水頭港區公有停車場收費」，將比照金門航空站停車場收費標準，調降停車費每日三十元。另增加當日離場免予收費之彈性作法，該項收費調整案，業經縣務會議審議通過，金門縣長李沃士已責成相關單位儘速與金門縣議會溝通審議，可望在春節期間先試先行，以符合便民利民的施政目標。
有鑑於水頭港區公有停車場實施收費一年以來，目前已達到當初收費目的即提高汽車停放週轉率，不再一位難求，然而旅客普遍反映收費標準過高，縣府交旅局基於民意反映及減少鄉親大眾支出負擔，故提案比照金門航空站停車場收費標準，從善如流。
經調整後之費率標準，A、B區收費標準，停放車輛當日出場者不予收費，停車非當日出場者，自次日起每日收費三十元（未滿一日者，以一日計算收費），並採逐日累計加收，開放時間上午七時三十分至下午七時三十分（並配合船班時刻表適當調整）。機車均免費。
原收費率標準是採停車時數未逾十五小時出場者不收費，停車時數逾十五小時以上，每一小時以三十元收費並採每二十四小時段最高收費累進計費；停車時數逾十五小時起，每連續停放未滿一小時者，以一小時計算收費。機車免費。
同時，考量大小金門民眾往來頻繁，將C區調整併入烈嶼專區，以提供烈嶼地區通勤民眾充份使用；C區停車場不論是機車，抑是汽車均免費，但需具備戶籍設烈嶼之民眾憑身分證查驗，其次金門本島在烈嶼鄉機關學校服務之民眾，憑機關學校出具之證明向管理機關申辦專用停車證即可。
至於，D區收費，由原停車時數未逾七十二小時出場者不收費，逾七十二小時者，每增加二十四小時收費三十元，不滿二十四小時以二十四小時計收；調整為停車時數未逾三日出場者不收費，停車超過三日出場者，自第四日起每日收費三十元（未滿一日者，以一日計算收費），並採逐日累計加收。開放時間為全日開放。
基於D區位於港區外緣位置，與乘船碼頭距離較遠，因此維持現有優惠之收費標準及開放時間，主要希望增加旅客停車之意願；另配合A、B區計費單位，調整D區統一使用以日為計費單位；C１區專區與調整後之C區均為烈嶼專區，故原有之C１專區免收費標準則予以取消。
據了解，水頭港區停車場使用，第一階段小三通試辦通航期間，因航班及旅客人數有限，故停車場區採取免收費方式供小三通往返旅客停放汽車使用；唯小三通營運迄今出境旅客量逐年遽增呈倍數成長，此外為數不少旅客赴大陸經商、旅遊或工作佔用車位，造成停車位供不應求，交通紊亂情事發生。
港務處為能有效解決停車位供不應求及改善水頭港區內交通等問題，秉持符合使用者付費公平原則，經評估後決採取收費方式辦理，希望藉由收費機制，提高汽車停放周轉率，使民眾均有停車位可使用，因此自去年元月一日起實施收費，同時也考量大小金門鄉親交通往返需求及減少其支出負擔，依據縣議會之意見提供通勤專區免予收費。
水頭港區停車場初期係採取人工巡場登錄開具繳費單方式，未設置進出管制口，造成登記困難管理不便，事後繳費亦衍生爭議，也因此，港務處經檢討後陳報縣府獲經費補助增設停車場管理改善設施，並於去年十一月一日正式啟用，改採用以閘門人工管制，電腦系統自動計費模式經營，停車場共設二處哨亭，每一哨亭每日均有人員值班。