針對二月二十六日自由時報頭版報導「為金廈大橋鋪路？政府砸五十七億建五點三四公里金門大橋」，行政院並已召開記者會加以澄清。而福建省政府也對興建金門大橋，提出看法。
　對於行政院日前通過興建金門大橋案，自由時報報導多所誤解與扭曲，行政院特召開記者會澄清如下：
　一、政府六十年來第一次在金門蓋橋，乃履行照顧離島偏遠地區的政策（離島建設條例已有明確規範）；遑論金門地區守衛中華民國的貢獻，讓台灣得以在安定環境中發展。
二、金門大橋不只是大小金門之間基本的交通需求，還能附掛水電，省下小金門蓋發電廠的經費，也是小金門同胞緊急醫療救援及消防救災所需；此橋的設計同時強調觀光價值，將融合金門文化特色，有助於提升金門地區發展，賺取觀光外匯。此橋具有多元功能，其經濟效益也經過經建會審查，頗具正面。
三、興建大橋總經費五十七億，其中金門縣政府負擔三分之一，中央擔負三分之二，約三十七億，與莫拉克颱風災後重建特別預算所編之交通建設經費三百八十七點六七億元並無任何排擠，政府對離島及災民需求都同等重視及兼顧。
四、金門跨海大橋長達五點四公里，橋寬十五米（四線道設計），是基於工程的考量，同時因具觀光與環保特性，有兩個車道目前考量以自行車、電動機車與人行步道為主。
　而福建省政府也對興建金門大橋提出以下的看法：
　一、連接大小金門之間的金門大橋興建案歷經先期作業（八十二年四月至八十七年六月）、工程顧問公司規劃北路廊路線（八十七年十一月至八十九年五月）、工程顧問公司規劃替代方案（南路廊路線）（八十九年九月至九十一年十月）、國工局代辦（綜合規劃）（九十二年一月至九十六年六月）、金門縣政府自立籌辦（九十六年七月至九十八年十一月）等階段，終於獲行政院九十九年二月二十五日院會通過金門縣政府之建設計畫，預計今年底動工。福建省政府對這座歷經十餘年研議評估規劃，政策終能定案的金門大橋，表示欣喜，對於馬總統、吳院長、經建會、交通部等相關部會的積極回應金門地區民意，表達感謝之意。
　二、近日媒體指出多位反對黨立委反對興建金門大橋，造價引發外界爭議及八八災民表達不滿等聲音，省府以為金門大橋不能單以經濟效益為興建與否的唯一因素，因為金門地區以前實施戰地政務，各項公共設施及民生基礎建設不足，金門縣政府為提供大小金門全天候穩定的陸運交通服務，聯結兩地土地完整規劃利用，結合整體資源、避免民生建設之重覆投資，並考量地區醫療照護、緊急救災、民生水電之基礎需求、提升地區民眾生活水準等、爰積極推動本計畫，僅就單一整合大小金門之醫療資源，提供小金門居民所需之醫療救護，此議題即超越任何可數據量化的經濟評估效益。且行政院經建會辦理之金馬中長期經濟發展規劃也評估分析本計畫有其必要性、可行性及急迫性，應儘速興建之建議。目前規劃朝向「三分交通、七分觀光」，大橋未來的觀光效益深具潛力。
　三、基於金門地區民意，金門大橋歷經十多年的推動，方獲中央同意，而八八水災係天然災害，其災後重建政府另有機制與預算處理，政府秉持同樣照顧偏遠地區之政策，並沒有任何偏頗之處，經費更沒有排擠之可能，遑論造橋總經費五十七億元當中，負擔比例中央三分之二（三十七億），金門縣政府三分之一，也係前中央政府核定在案，開地方政府負擔造橋費用之先例。
　四、部分學者質疑橋寬十五米四線道的設計，認為金門大橋設計預留「金廈大橋」闢建空間。此說法乃為過度聯想，由於長達五點四公里跨距達二百五十米的跨海大橋，十五米寬度是基於工程的考量，同時因具觀光與環保特性，有兩個車道目前考量以自行車、電動機車與人行步道為主，以創造觀光加乘效果。鄉親對於近在咫尺對岸交通方便性的憧憬，乃基於長久歷史的情誼，此類想法省府必須加以尊重，但尚未具有共識，遑論形成政策！