金門高中一年級與金門農工一年級的學生，可以於修畢一學期後，或修畢一學年後，互相轉學；由高中轉高職或由高職轉高中的管道稱為「適性轉學」。
　「適性轉學」的夥伴學校及轉學、轉科委員會於本學期辦理轉學事宜的作業時間是預定在七月五日到七月二十日；申請的日期將會於學期末在金門高中和金門農工兩校網頁上公告。
　自九十八年六月起，金門高中與金門農工已建立互相轉學的管道；不過，「兩校學生互轉就讀」的名稱，已經根據〈國立高級中學學生申請適性轉學（轉科）試辦計畫〉改稱為〈金門地區高中職學生適性轉學就讀要點〉。
　〈金門地區高中職學生適性轉學就讀要點〉已經於六月十四日修訂通過；參加的委員包括陳水芳（金門農工校長）、蔡錦杉（金門高中校長）、劉湘金、楊忠模、許乃忠、唐暖金、吳振堂、陳月萍、謝惠婷、蔡育仁、洪福全等。
　根據修訂後的〈金門地區高中職學生適性轉學就讀要點〉，兩校提供的適性轉學名額，是以招生名額缺額的百分之四十為上限。
　修訂後的實施方式，高中生修畢一年級該學期課程者，可持學期成績證明文件，申請轉入金門農工該年級類科就讀；金門農工修畢一年級該學期課程者，也可以持學期成績證明文件，申請轉入金高中就讀。每一位學生只能申請一所學校，只限申請一科，只限申請一次。
　修訂後的注意事項中載明，參加「適性轉學」的學生，經錄取後，不得再申請轉科或申請回原學校就讀，也不得參加繁星計畫的推薦甄選。