1990年9月12日，兩岸紅十字會代表陳長文與韓長林在金門仁愛新村簽署「金門協議」，雙方基於人道立場，針對偷渡客與刑事罪犯的遣返事務，協商出一套制度化的程序與執行內容，「金門協議」不僅是兩岸在司法互助方面邁出的漫長而艱辛的一步，還為之後的商談提供了契機。
20年前的9月12日簽署「金門協議」，由當年擔任紅十字會秘書長的陳長文與大陸紅十字會秘書長韓長林代表雙方簽字。簽署協議的地點在金寧鄉仁愛新村（現地政局）。簽署五項條文內容如下：海峽兩岸紅十字組織代表本年九月十一日至十二日進行兩日工作商談，就雙方參與見證其主管部門執行海上遣返事宜，達成以下協議：
一、遣返原則：應確保遣返作業符合人道精神與安全便利的原則。
二、遣返對象：（一）違反有關規定進入對方地區的居民（但因捕魚作業遭遇緊急避風等不可抗力因素必須暫入對方地區者，不在此列）。（二）刑事嫌疑犯或刑事犯。
三、遣返交接地點：雙方商定為馬尾<--->馬祖，但依被遣返人員的原居地分佈情況及氣候、海象等因素，雙方得協議另擇廈門<--->金門。
四、遣返程序：（一）一方應將被遣返人員的有關資料通知於對方，對方應於二十日內核查答復，並按商定時間、地點遣返交接，如核查對象有疑問者，亦應通知對方，以便複查。（二）遣返交接雙方均用紅十字專用船，並由民用船隻在約定地點引導，遣返船、引道船均懸掛白底紅十字旗（不掛其它旗幟，不使用其它的標誌）。（三）遣返交接時，應由雙方事先約定的代表二人，簽署交接見證書。
五、其他：本協議書簽署後，雙方應儘速解決有關技術問題，以期在最短期間內付諸實施，如有未盡事宜，雙方得另行商定。