兩岸簽訂《金門協議》所產生對兩岸關係及金門定位的影響，文化大學中山與中國大陸研究所博士黃昭能（左）、淡江大學中國大陸研究所博士羅德水（右），亦分別在博、碩士論文中提出觀察、觀點。（楊樹清／台北傳真）

一九九○年九月十二日，兩岸紅十字會在金門仁愛新莊簽署《金門協議》，到今天滿二十周年。
關於《金門協議》簽訂的背景、過程，對兩岸談判、互動關係的意義、效應及對金門的影響，兩位金門籍的博、碩士，黃昭能與羅德水，在其論文中，亦提出論述觀點。
烈嶼羅厝人，全國教師會文宣部主任羅德水，二○○○年元月在淡江大學中國大陸研究所文化教育組碩士論文《兩岸關係發展與金門定位變遷之研究│一個金門人的觀察》中探討《金門協議》對金門的意義時強調：「在金門協議簽訂之時，台灣的民進黨即批評『金門協議』是『國共密談』。在協議簽訂之後，兩岸皆認為協議的內容還有進一步修改之處，甚至於兩岸在執行『金門協議』的過程也因『閩獅漁事件』起過爭執，終使『金門協議』的精神無法繼續發揮。但是，這些缺失還是無法抹煞金門協議的功能，尤其是選擇金門這個兩岸衝突的中心作為兩岸會談的地點，事實上已經有著無比的象徵意義」，『金門協議』的簽訂早在發布『國家統一綱領』與宣告終止『動員戡亂時期』之前，而此時的金門也仍然在戒嚴時期，因此嚴格說來，兩岸其實是在『交戰狀態』之下，於『接戰區』簽訂了『金門協議』，這對長期成為兩岸戰場的金門來說，實在有其正面積極的意義，亦即，只要兩岸政府有持續交流的誠意與解決問題的決心，即使是久為戰地的金門都能成締造兩岸和平的場所，而金門無可替代的地緣特性更是以後兩岸會談的最佳地點」。
金沙西園人，服務於行政院法務部的黃昭能，二○一○年六月在通過文化大學社會科學院中山與中國大陸研究所的博士學位論文《金門在台海兩岸關係角色之研究》，就《金門協議》產生的效應，分就「政治方面」與「增進共識」提出觀察角度；「政治方面：兩岸代表雖以民間團體名義進行協商，惟官方在整個事件的交涉與處理中，確實扮演著相當重要的角色。此次雙方以秘密的方式進行，固可避免許多困擾，惟亦容易使民眾及外界對政府當局產生疑竇，及不必要的猜測，誤認兩岸未來有可能透過此種方式進行其他政治性談判」，「增進共識：兩岸簽署：『金門協議』後，均體認到（1）兩岸今後協商共同解決問題的必要性。（2）兩岸必須有專責的對口機構負責此項業務。基於上述認知，兩岸對兩岸間衍生的問題，今後採取較積極的態度面對，其後的『海基會』（一九九一年三月九日）、『海協會』（一九九一年十二月十六日）相繼成立，以及後續一連串的『辜汪會談』，均是基於此次『金門協議』共識而來」。