金門籍病患要自行搭機赴台轉診可以申請交通補助，不過得按流程辦理，並由醫師判定是否符合「嚴重傷病」－署立金門醫院已把申請流程公布在官網上（http://www.kmhp.doh.gov.tw/）。
　根據金門縣衛生局提供的數據，不包括緊急後送及軍機後送，去年（九十八年）全年，金門縣居民申請自行搭機赴台就醫的人次為六千五百八十九人次；今年一至九月，申請的人次已達五千三百三十三人次。
　去年和今年，衛生署補助的交通費用都是九百三十萬元。去年，衛生署補助金門縣的九百三十萬元全部用完，金門縣政府還額外負擔了二百二十三萬二千五百五十元；也就是說，去年一年，用在病患赴台就醫的交通補助總額超過了一千一百五十三萬元（不包括緊急後送及軍機後送）。
　今年一至九月，衛生署補助的九百三十萬元已經用掉了八百萬元；因此，今年申請赴台就醫交通補助的人次和經費，成長得比去年更快。
　除了補助自行搭機轉診的交通費之外，九十八年，緊急後送的病患共有九十三人次，以C-130軍機後送的人次則是一百八十四人次；今年一到九月，緊急後送的病患已有四十四人次，以C-130軍機後送的人次已有一百八十四人次。
　由於病患赴台就醫的人數年年高居不下，在衛生署的要求下，署立金制定了申請的流程，一方面讓申請者知所依循，一方面則做好基本的管控。
　根據署立金門醫院的說明，開立轉診單暨交通補助申請，首先要到金門醫院的掛號室掛號，再由相關科別的醫師看診，然後經醫師判定是否開立。
　若醫師判定可以開立，病患就可以持轉診單或交通補助申請表至金門醫院服務台蓋章，並由院方留存轉診單的第一聯（白色）。
　病患持轉診單或交通補助申請表赴台就醫後，要由接受轉診的醫療院所將轉診單中的第三聯（粉紅色）寄回金門醫院存檔。
　病患完成上述程序後，必須在就醫日起算的三個月內檢附交通補助申請表、轉診單（持有重大傷病卡患者加附影本乙份）及就醫來回機票至金門縣衛生局或所轄衛生所辦理交通費補助申請。申請表上必須蓋有轉出暨轉入醫院的門診戳章（或藥袋、收費單等以茲證明）。
　申請者若是持有重大傷病卡的病患，交通補助申請單並沒有開立次數的限制；申請者若未持重大傷病卡的病患，交通補助申請每人每年以申請四次為上限。
　署立金門醫院制定的「開立轉診單暨交通補助申請表流程」是根據行政院九十八年四月二日修正的「山地離島地區嚴重或緊急傷病患就醫交通費補助要點」。
　根據該要點，離島（包括金門）或其他經衛生署指定的重大災害地區，因受當地醫療資源所限，以致無法提供嚴重傷病醫療照護服務，經醫師考量傷病情，得許可自行搭班機、班船往返臺灣本島就醫；所需實支交通費（不包括直升機、包機及包船）的二分之一可由衛生署編列預算補助，由病患自行負擔二分之一。
　前述所謂「嚴重傷病」的認定，在金門（含烏坵）是由金門醫院暨烈嶼院區、國軍烏坵守備區醫務所認定。