兩岸小三通客船票價居高不下，民進黨金門縣黨部反映鄉親的心聲，曾行文建議交通部應督導改善，儘速協調業者合理調降票價。主管機關高雄港務局從業者的營運成本及業者目前採行的策略做出回覆，並指出，該局為實際回應地方民意需求，已協調金門航商回饋金門鄉親，現金門四家業者已有「馬可波羅」輪、「金星」輪，二家業者針對設籍金門之鄉親實施全票八折優待。
　民進黨金門縣黨部主委翁明志指出，小三通客運票價偏高，金門鄉親和旅客頗有怨言，縣黨部曾行文交通部航政司，建請能本於權責督導改善，並協調船運業者儘速合理調降，以平民怨，日昨主管機關高雄港務局來函回覆。
　有關高雄港務局綜整回覆如下：
　現行（廈門東渡）票價係於民國九十四年二月五日經交通部授權該局備查後實施，迄今未曾調整，現行多項成本係依當年成本而為評估，以本（九十九）年一至九月平均油價來看，已較九十四年當時上漲約百分之六十四，各項成本多年均未適當反映。
　小三通客運業者，非係「發展大眾運輸條例」第二條所定義從事國內客運服務，因此現所實施優惠票價措施，均無法將該條例納入差額補貼範圍內，然業者均願善意對於年滿六十五歲以上老人、殘障者及滿三歲以上十二歲以下之兒童給予半價之優待，另三歲以下兒童則僅需購買保險票，經查目前直航班機或國際航線之空運或海運上尚無該項優惠措施。
　為服務旅運大眾及金門鄉親，目前金廈航線每日班次增至三十六班，班距約三十分鐘，泉州線亦增至六班，提供往返金、廈、泉乘客，能更彈性利用該等航線，並節省班次間距之耗時等待，以便利中轉商務旅程需要，雖然這些航班中有多數屬離峰船班（乘客常有個位數之現象），但該等不具營利性質公共性服務亦需各營運行商不計成本配合。
　金門地區未設船舶維修廠，致小三通營運船舶歲修或臨時故障檢修，均需遠赴台灣地區，即使平常於金門地區小檢修亦需聘用台灣專業技師，其相關台灣後勤支應成本遠較其他地區業者高出甚多。
　我方航商業者因營運泊靠廈門等大陸港之港務、棧埠規費，對岸港口管理單位係按國際航線之費用收取，另航商對於大陸營運需設據點委人代辦，相關行政及港埠費用均較國內高出甚多。
　小三通航線價格便宜一向為其競爭優勢，雖有套票之便利服務，然受限於中轉因素，即使金廈直航定期班機數現並不多，但已讓目前運載率下滑，九十九年七、八、九月雖屬暑假旺季，但載客率約為百分之三十九、三十六、三十八並不高，而且乘客結構以偏向團客居多，特別是陸客，由此可見直航對小三通航線營運之衝擊。
　所提金廈小三通客運航線票價應依航程有別一節，就票價結構而言，並非全然以航行時間（或浬程）比例核算，營運成本除動力油料有所差異外，其他各項成本費用均為相同，航商於經營成本仍屬併整東渡、五通航線相互維持及交叉補助之營運態勢，又查馬祖地區福澳至馬尾航線航程均九十分鐘，其單程全票票價為新台幣一千三百元，相較於金、廈、泉航線航程（四十至七十分鐘），兩地區票價相當。
　航行於台澎與台馬之間國內航線的臺華、臺馬輪，其營運任務係不計盈虧以照顧偏遠、離島或特殊服務性交通運輸為目的，其營運虧損屬「大眾運輸事業補貼辦法」予以補貼對象，且其船舶建造之初均受政府出資補助，以臺馬輪為例，中央於二零零四年即補助一億四千六百餘萬元，二度進行大修，另油價上漲時，亦可依「離島海運客運業油價補貼作業執行要點」補貼，但小三通業者無「法」可據受任何補貼，從船舶購入及其後續所有折舊、營運、維修、員工勞退各項福利制度、優惠票價措施之成本，均需以營利來支應。
　綜上所提，該局為實際回應地方民意需求，已協調金門航商回饋金門鄉親，現金門四家業者已有大榮海運股份有限公司之「馬可波羅」輪及金安航運股份有限公司之「金星」輪，實施對設籍金門之鄉親所購全票以八折優待（新台幣五百二十元）。