金門與台灣本島之電信網路斷訊，造成金門地區手機、市話、傳真均中斷，許多航空公司均改由人工開票。金門水頭碼頭通關作業因查驗備援系統啟動，當天即時發揮功效，使查驗勤務維持正常，絲毫未受到影響。
據移民署金門國境隊隊長陳介章指出，網路斷訊係該署國境線上應變狀況之一，平時就有預作演練，加上金門查驗備援系統於今(99)年6月正式啟用小型查驗主機，在本次網路斷訊時適時發揮功效，使查驗勤務維持正常，不像以往採人工抄寫事後再補登之措施。斷訊期間，經統計查驗入境旅客432人，出境旅客487人，共計919名。恢復通訊後，經再次比對更新後之最新管制資料，並無漏管。陳介章表示，入出國查驗作業系統於全國重要機場、港口均有規劃不中斷作業機制，並由行政院國科會於98年補助於松山、台中、高雄機場、金門水頭港研發設置小型查驗主機，係今年6月4日上線啟用。