金門縣牡蠣養殖登記管理自治條例業已經縣議會第五屆第二次定期會審議通過，再經請縣府完成公告程序後即可施行，將讓本縣海域牡蠣養殖的管理於法有據，並維護民眾權益。
　縣府為有效管理沿海養殖牡蠣之蚵架，避免糾紛、颱風等自然災害或政府公共建設之興建而影響蚵民之權益，並建立本縣牡蠣養殖相關資料，特依漁業法第六條及地方制度法第十九條第七款第一目規定，制定「金門縣牡蠣養殖登記管理自治條例」以建立管理基準，振興地方產業，維護民眾權益。
　依照議會三讀完成之金門縣牡蠣養殖登記管理自治條例，所稱之牡蠣養殖，係指於金門縣周邊海域潮間帶內以「石條式。平掛式。其他經縣府認定之方式。」所養殖之牡蠣。
　關於牡蠣養殖區的申請，先由縣府整體規劃評估後，劃定年度開放登記之區域，並辦理定期公告，接受申請。而申請牡蠣登記應填具申請書，並檢附「養殖人之身分證明文件影本。牡蠣養殖場位置圖。」書件向縣府申請。
　縣府於受理申請後，經派員至各區邀集該區申請人進行登記及蚵田指界，登記結果並於各村里辦公處公告三十日，公告期滿後無異議者即核發牡蠣養殖登記證。而牡蠣養殖登記證並應載明「養殖人姓名。場址（註解參考之經緯度）。排列方式與面積。牡蠣養殖登記證有效期限。」牡蠣養殖登記證登載之內容如有變更，應檢具「原領牡蠣登記證。變更登記申請書。相關證明文件。」辦理變更登記。
　牡蠣養殖登記證有效期限，石條式為十年，其餘皆為五年，期滿繼續養殖者，應於期限屆滿前三個月內填具展延申請書檢附原牡蠣養殖登記證，送縣府審查，符合規定者予以換發新證。而新（換）領牡蠣養殖登記證時，申請人應繳交證照費新台幣三百元。
　另外，對於「申請人以詐騙或其他不正當方法取得者。經其他民眾提出異議，經確認非屬於申請人所有者。從事牡蠣走私等不法行為，經司法機關、海關判決或處分確定者。該海域政府計畫進行公共設施建設者。」等情形之一者，政府得撤銷或廢止所核發之牡蠣養殖登記證照。且經撤銷牡蠣養殖登記者，其設置之蚵石（架）應予拆除，但屬「該海域政府計畫進行公共設施建設者。」之情形，養殖人得請求工程主辦機關予以補償。