2012金門馬拉松賽將於26日在金門大學鳴槍起跑，預計屆時將有兩岸三地、國內外好手與地區鄉親約二萬多人報名參加競技，為使活動能順利圓滿進行，縣警局將於活動地點金門大學周邊及路跑行經路線進行交通疏導管制，請參加活動人員、工作人員及行經路跑路線之人車配合警察人員之指揮行進；另鑑於參加活動人員眾多，周邊停車空間有限，主辦單位也呼籲參加比賽之選手及啦啦隊員儘量多人共乘一輛車輛前往，城區民眾儘可能徒步前往或騎乘機車前往。
縣警局表示，當天管制措施如下：
管制區部分：（一）大學路、大學西路：比賽期間從上午5時至14時止，除持有車輛通行證者外，餘車輛禁止進入；惟9時起工作車輛一律從環島北路精工加油站對面往金門大學道路或環島西路大學西路口進出。（二）環島北路林湖路路口至環島北路頂林路路口：為維護選手安全，頂堡往金城方向路邊及路外禁止汽機車停放；僅開放金城往頂堡方向路邊停放汽車。另自上午7時至12時此路段禁止任何車輛（含公車）進入，車輛僅准出不准進，車輛一律改走頂林路、林湖路。行經該路段之公車將改道行駛。（三）環島北路林湖路路口至伯玉路榜林圓環：為維護選手安全，榜林圓環往環島北路方向之林湖路兩側路邊及路外禁止汽機車停放；僅開放林湖路往金城新莊方向路邊停車。另自上午7時至12時此路段實施單向通車，車輛禁止從榜林圓環方向駛入林湖路，一律行駛伯玉路。（四）環島西路二段環島北路口至大學西路口：為維選手安全，此路段禁止兩側停車，並於上午7時至9時管制任何汽機車進入，車輛改走民生路、民權路等。
停車區部分：（一）汽車部分：除管制內所開放之路邊停車外，環島北路林湖路口至環島西路口、環島西路大學西路口往西埔頭方向路邊及青年活動中心對面重劃區等亦開放路邊停車，文化局內停車場亦可停放。（二）機車部分：規劃環島北路精工加油站對面往金門大學方向之道路內停放機車，禁止停放於環島北路兩側路邊及路外。
管制期間除持有主辦單位核發之車輛通行證者外，其他車輛禁止進入金門技術學院內，警方將於環島北路大學路口、環島西路大學西路口、環島北路精工加油站對面往金門大學路口、大學路往湖南之產業道路等入口處設置管制點，嚴格管制車輛進入，請未持有車輛通行證之參與比賽民眾及啦啦隊員等勿嘗試進入，以免被阻擋在路口處，而影響到行經車輛之行車順暢，請參加民眾務必配合。