為輔導國內未登記工廠合法經營，經濟部在去年修正公布施行的「工廠管理輔導法」中，特別增訂第三十四條放寬補辦工廠登記之「權宜條款」，明訂未登記工廠業者於該法修正施行兩年內可補辦臨時工廠登記，補辦通過廠商給予五年輔導期，期間免除區域計畫法、都市計畫法及建築法相關處罰規定，讓未登記工廠有機會藉由政府輔導補辦登記機制，邁向合法經營之路。
　金門縣政府建設局指出，根據經濟部的說明，該項「補辦登記」有以下特色，請民眾特別注意：
　一、依法有據儘速補辦│經濟部修正「工廠管理輔導法」總統已於去年六月二日公布施行，增訂第三十四條條文，放寬未登記工廠在兩年內補辦臨時工廠登記，輔導合法經營。凡民國九十七年三月十四日前已存在的低污染未登記工廠，至遲應在今年的六月二日前向所在的縣市政府工業單位提出補辦申請，審查符合環保、消防、水利、水保等規定並繳交回饋金後，准予臨時工廠登記。
　二、補辦登記好處多多│根據經濟部的說明，這項補辦登記，愈早完成補辦，即日起免依工輔法第三十條科罰，並排除土地及建管法令限制，不擔心被檢舉，安心經營。補登工廠輔導期間，適用申請外勞及經濟部相關輔導優惠措施。未登工廠座落資訊地方政府已有初步掌握，提出申請的業者政府將納入輔導，不會列入優先查緝或通報稅捐單位。
　三、程序簡化成本合理│經濟部在補登措施的說明中指出，考量廠商投資成本，補登案件採二階段審查，第一階段（書面審查）通過者，方進入第二階段消防、環保設施之實質審查。考量公眾安全，既有建築應改善符合「消防安全設備設置標準」，並由地方消防機關檢查合格，簡化原先之圖說審查程序。無論合法工廠或補登工廠，環保單位均一視同仁依法稽查。環保設施屬必要成本，並非額外支出。補辦登記依法須繳交之回饋金，依工廠廠地面積，最低新台幣二萬元，最高不超過十萬元。
　四、補辦登記才有未來│經濟部強調，未登工廠需於兩年內（今年六月二日前）完成申請補登，否則未來七年內不適用專案輔導。完成補登且其廠地經劃入「特定地區」的工廠，經濟部正協調內政部研修法規，爭取將廠地變為丁種建築用地，協助永續經營。