鑒於離島幅員有限，不易達到規模經濟，加以先天環境及氣候的限制、地處偏遠，公共建設普遍較臺灣本島缺乏，行政院於九十年三月十六日依「離島建設條例」設置「離島建設基金」推動離島開發建設，以平衡離島地區在建設發展上受到之限制。
根據行政院經建會指出，離島建設基金補助相關計畫自推動至今已逾十年，目前已實施至離島綜合建設實施方案第三期(一百至一百零三年)，對改善離島生活品質、增進居民福利，已有相當顯著之成果，其中交通及觀光建設，自九十年來共補助五個離島縣約六十八億餘元，占整體補助金額比例約三成，為各項補助類別最高，藉由陸海空三方面交通機能交互配合及服務，維持離島居民最基本「行」的權利，同時帶動觀光發展。
經建會指出，歷年交通及觀光執行成效主要有：
在陸運方面，已有效改善交通設施水準，保障居民及遊客行車安全，包括道路整建養護，改善道路指標系統，美化道路周邊景觀，汰換金門縣、澎湖縣、綠島鄉等地老舊公車，同時推動金門縣電子票證制度，遊客使用悠遊卡即可暢遊金門，提升在地公共運輸服務品質。
在海運方面，改善現有碼頭設施，增加船舶航行安全性，並加強交通船舶維修，如連江縣臺馬輪檢修，並於冬季航運淡季時，執行島際間交通船基本航次補貼，委託民營業者加入營運，維持船運之正常運量。
在空運方面，為滿足連江縣莒光及東引鄉旅客與馬祖本島間基本交通需求，於冬季海象惡劣時提供應急運具，即機動派遣直昇機飛行於連江縣南竿│東引及南竿│莒光，解決海運停航問題，使交通服務不中斷。
在觀光品質提升方面，持續培養訓練觀光解說員，提升觀光從業人員素質，打造舒適便利旅遊環境，並陸續開發更多樣且具深度之觀光素材，如金門縣獅山砲陣地轉型為軍事觀光主題園區，即為活化再利用閒置軍事營區成功案例，另配合提升在地旅宿業經營品質及內涵，使遊客更樂於體驗豐富之離島風情。
經建會強調，提供離島居民行的便利、行的安全、行的自由，是政府施政之方向；有便捷的交通網路才能帶動地方觀光，創造商機。
經建會未來將持續協調離島縣政府及中央主管部會，從不同層面共同努力，再進一步提升離島運輸流動機能，創造更多觀光主題，以吸引更多客源，活絡更多地方特色產業以提升在地經濟。