政府為推動離島建設，健全產業發展，維護自然生態環境，保存文化特色，改善生活品質，增進居民福利，特制定離島建設條例。並依條例之規定，設置離島建設基金，中央政府分十年編列預算撥補三百億元，已於九十九年達法定規模。經建會並將歷年運用情形提報離島建設基金管理會第二十九次會議通過。
　根據經建會指出，九十至一百年離島各縣補助情形，金門縣補助七十點零五億元，補助比例占百分之三十二點八六；澎湖縣補助六十四點三四億元，補助比例占百分之三十點一八；連江縣補助四十五點六八億元，補助比例占百分之二十一點四三；台東縣補助十六點三三億元，補助比例占百分之七點六六；屏東縣補助十二點零七億元，補助比例占百分之五點六六；其它補助金額四點七二億元（其他項目係補助小型基層建設計畫及綜建計畫等）。全部合計補助金額達二百一十三點一九億元。
經建會指出，離島建設基金用途主要包括補助及融資項目，歷年運用情形，在補助業務方面，補助原則係依據離島建設條例第十五條規定，離島建設由中央政府編列預算支應，不足由離島建設基金補足。具有離島特殊性之計畫，由離島建設基金編列預算辦理，一般性建設由公務預算支應。
　執行情形，基金自九十至一百年已編列補助約二百一十三點一九億元，如按離島縣政府區分，其中金門、澎湖、連江三縣分別佔百分之三十二點八六、三十點一八及二十一點四三；如按計畫類型區分，以「交通及觀光」及「農業及水資源」建設計畫最高，分別占百分之二十九點六四及百分之二十八點二零。
　經建會指出，中央政府補助離島建設規模平均每年九十五億元，九十年至九十五年中央政府對金門、澎湖及連江維持平均每年總補助規模（含中央預算及離島基金）約九十五億元。為期離島永續發展及離島建設基金能循環應用，九十五年基金調整運用方向及開辦融資業務後，九十六年至一百零一年間基金補助雖減少，但中央平均每年補助金額由七十二點四二億元提高為八十六點九五億元，維持總補助規模約九十五億元不變。
　在融資業務方面，經建會指出，辦理過程上，為引進民間資金共同參與離島建設，自九十五年開辦融資業務；並自九十七年開辦信保業務，以解決擔保品不足問題。為簡化申貸流程及增加銀行承貸意願，一百年除整併「離島永續發展貸款」與「離島優惠貸款」為「離島永續發展優惠貸款」外，並於同年十二月捐助中小企業信保基金一億元，成立相對保證專款二億元，辦理專案信保貸款業務。執行情形，截至一百年底共核貸六千七百萬元，本年金門及澎湖各通過推薦太陽能光電業者及電動機車充電業者各一案，申請融資金額共五千五百萬元，刻正由承貸銀行審議中。
　經建會指出，為落實離島基金管理會會議決議，未來運用方向為一半運用於補助計畫，一半運用於融資及公有土地活化。相關工作重點說明如下：
（一）補助業務方面，為落實第三期（一百至一百零三年）離島綜合建設實施方案，每年補助金額以十二億元為度。一百零一年起正式實施離島縣政府及中央部會之經費分攤配合機制。
（二）融資業務方面，由離島基金與銀行資金按一比三搭配辦理，以擴大融資財源。並為提高銀行承作意願，專案信保成數則提高至九成。且為提升融資成效，成立單一融資服務窗口，並會同銀行、信保基金及離島縣政府等辦理宣導，以及協助業者解決問題。
（三）公有土地活化方面，經建會委外「離島建設補助計畫執行成效總檢討及未來推動方向」研究報告，其中針對活化離島地區公有土地挹注基金方面，建議先由離島縣政府清查所轄公有土地，認列納入「離島待活化公有土地」，俟地方政府或民間有開發需求，再行由基金辦理撥用；目前經建會刻正就該等建議研議相關作業流程。