經濟部呼籲，依據「未登記工廠補辦臨時工廠登記辦法」，已通過第一階段補辦登記的業者，應於核准後六個月內，最遲民國一百零二年二月二十八日前提出第二階段審查申請，否則將無法辦理。
　為協助未登記工廠合法經營，經濟部中部辦公室表示，依法於六月二日前受理全台補辦登記合計五千五百四十六家，通過第一階段（書面審查）核准三千六百三十九家。金門縣政府建設局表示，金門有六家。
　而通過第二階段取得臨時工廠登記四百五十八家，可於輔導期間（一百零六年六月二日前）內免受土地及建築法相關處罰，並接受政府專案輔導。
　根據經濟部中部辦公室指出，由於第二階段補登須投注改善設施成本，部分業者猶豫不決，遲遲不提出申請。
　經濟部中部辦公室表示，因經濟部於八月二十九日修正「未登記工廠補辦臨時工廠登記辦法」第八條，規定業者於收到核准第一階段案件通知六個月內，或該辦法修正後六個月內（即一百零二年二月二十八日前）應提出第二階段審查申請，逾期未申請者，地方政府將不予補辦臨時工廠登記。