金門小三通去年(2012年)出入境人數較2011年減少一萬六千人次，這是金門開放小三通11年以來首次出入境人數呈現小幅負成長。
　內政部入出國及移民署與金門縣政府交通旅遊局統計資料顯示，金門小三通去年出入境145萬8千多人次，較2011年147萬4千多人次減少一萬六千人次。
　據統計，金門小三通出入境人數2008年前都不足百萬人次，2008年只有97萬多人次，2009年、2010年大幅度成長，突破百萬人次，2009年128萬多人次、2010年138萬多人次，去年出入境人數較2011年只微幅下降，仍維持在高檔。
　縣府交旅局長楊鎮浯指出，依出入境旅客看，去年來金門旅遊的大陸遊客人數有成長，反而台商人數減少，不排除兩岸直航，導致台商客源流失所致。不過，也顯示未來大陸旅客的成長前景看好，到金門旅遊人數有持續成長趨勢。
　面對小三通11年以來首次出入境人數呈現小幅負成長，楊鎮浯表示，將加強小三通競爭力，增加便利性，並與對岸協調調降小三通船票價；並將到大陸推介金門旅遊，吸引大陸遊客。
　楊鎮浯分析指出，經金門小三通到大陸的台商在近二年逐漸流失，但也因陸客人數成長而看不大出來。兩岸直航班機愈來愈多，拉走小三通的台商，尤其是華中、華北的台商，目前人數已穩定，福建與周邊省市台商是小三通基本盤。
　對此現象，金門大學國際暨大陸事務學系主任邱垂正則表示，小三通旅客負成長不需大驚小怪，主因與兩岸直航機場已發展到大陸二、三線城市有關。