本縣依據「民宿管理辦法」取得民宿登記證之民宿，目前計95家，營業民宿房間數407間、總容納人數1040人。尚有7家申請中。若你有意申請經營民宿，可向縣府交旅局提出，相關申請辦法可洽交通旅遊局電話(082)324174何秀姿。
縣府交旅局指出，民宿之申請登記應符合下列規定：一、建築物使用用途以住宅為限。但第六條第一項但書規定地區，並得以農舍供作民宿使用。二、由建築物實際使用人自行經營。但離島地區經當地政府委託經營之民宿不在此限。三、不得設於集合住宅。四、不得設於地下樓層。
交通旅遊局表示，民宿申請，會先審查所附書表文件是否符合民宿管理辦法規定，再採書面審查或實地勘查方式，請建管、消防、地政等單位會同審查，符合規定，即通知申請人繳納證照費一千元，並領取民宿登記證及專用標識。
交通旅遊局表示，辦理民宿登記經核准後，政府發給民宿登記證及專用標識，取得合法經營民宿權利，可連結政府網站，政府並會主動加以宣傳，輔導辦理相關研習訓練，以強化經營體質，提昇服務品質，合法民宿並可加入公務人員國民旅遊卡刷卡特約商店。
縣府為輔導民宿經營，於各年度不定期舉辦民宿經營研討會及民宿經營觀摩等活動，更訂有民宿E化~輔導民宿設置專有網頁、民宿E化~輔導民宿設置上網設備、補助購罝展示廚窗、補助製作專屬摺頁、成立民宿經營輔導團實地輔導等措施。
同時為鼓勵青年投入創業經營民宿，訂有金門縣「輔導金門地區青年經營民宿」無息貸款作業須知；為獎勵民宿提昇經營品質，訂有金門縣「金門地區輔導民宿經營」無息貸款作業須知。藉由上述措施達到發展金門民宿的目的。
未經申請核准就經營民宿會受到什麼處分？交通旅遊局表示，依「發展觀光條例」規定，未領取民宿登記證而經營民宿者，處新台幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並禁止其經營。
經營民宿者，應先檢附下列文件，向當地主管機關申請登記，並繳交證照費，領取民宿登記證及專用標識後，始得開始經營：一、申請書。二、土地使用分區證明文件影本（申請之土地為都市土地時檢附）。三、最近三個月內核發之地籍圖謄本及土地登記（簿）謄本。四、土地同意使用之證明文件（申請人為土地所有權人時免附）。五、建物登記（簿）謄本或其他房屋權利證明文件。六、建築物使用執照影本或實施建築管理前合法房屋證明文件。七、責任保險契約影本。八、民宿外觀、內部、客房、浴室及其他相關經營設施照片。九、其他經當地主管機關指定之文件。
縣府交旅局也表示，民宿經營者應遵守下列事項：一、確保飲食衛生安全。二、維護民宿場所與四週環境整潔及安寧。三、供旅客使用之寢具，應於每位客人使用後換洗，並保持清潔。四、辦理鄉土文化認識活動時，應注重自然生態保護、環境清潔、安寧及公共安全。