金門縣政府補助自費健康檢查自102年元月一日開辦以來，已有119人申請；金門縣衛生局已彙整常見的問題並說明如下：
關於申請資格，衛生局表示，凡年滿30歲，設籍日在本縣滿一年（以受檢當日為基準）均可申請。
　關於申請流程，需先至醫療院所體檢，再備妥自費健康檢查申請表（金門縣衛生局網站下載或至金門縣衛生局服務台索取）、體檢繳費收據正本、檢查報告影本、受檢人之郵局或銀行封面影本、戶口名簿影本、個人資料提供同意書（金門縣衛生局網站下載或至金門縣衛生局服務台索取）等資料，郵寄或逕至金門縣衛生局服務台辦理申請。
這項補助方案是兩年申請乙次，以年度為單位；申請人必須於受檢日起三個月內向衛生局申請。
自費健康檢查的補助金額為實支金額的二分之一，並以最高3500元為上限。例如體檢收據為1萬元即補助3500元；體檢收據為4000元則補助2000元，如有因疾病需求至門診求醫，卻由於不符合健保資格而須自費做超音波檢查的情形，則無法受理。補助條件除了健康檢查基本項目（如身高、體重、抽血等）外，還必須包含下列七項檢查項目中的一項：超音波、胃鏡、大腸鏡、電腦斷層、放射骨質疏鬆、核磁共振、正子掃描。
四十歲以上的公務人員或因公司有補助自費健康檢查而做了8000元的健康檢查；受檢前必須向醫療院所確定是否可開立兩張收據—例如3500元開一張收據、4500元再另開一張收據。若能拆成兩張收據，就可分別向兩方申請費用補助。