針對台灣環境資訊協會-環境資訊中心102年6月27日刊載「金門發展警訊：集水區BOT遭檢舉 水頭商港變更用途未獲認可」部分刊載內容，與環保署專案小組初審會（簡稱初審會議）之實際內容有所差異，縣府昨提出澄清，以正視聽。
　金門縣政府提送之「金門水頭商港整體開發計畫環境影響差異分析報告」（簡稱水頭商港環差報告），由行政院環境保護署於102年6月25日上午召開專案小組初審會。結論為補件後續審，與「金湖鎮商務旅館」及「水頭商港北側聯外道路工程」並無直接之關聯影響。
　縣府指出，水頭港區原開發目標以分攤料羅港貨運量（大宗物資運補）之貨運港形態為主，並於88年11月16日環評審查通過。自民國90年實施兩岸小三通政策以來，水頭港區已肩負金門地區海上客運服務，97年開放兩岸直航及小三通常態化、100年6月開放陸客自由行後，旅客運量更大幅增加。
　料羅港自98年起已新建新一號碼頭、南防波堤臨時砂石碼頭及改建既有一、二、三號碼頭，大量提昇該港貨運能量，原水頭港區分攤貨運之形態已由「貨運」轉變為「客運」。
　金門水頭港區整體開發規模（港區範圍、外廓防波堤、港池及陸域等）並未擴增，且與88年通過環保署環評審議之原環說書內容相同；目前縣府配合上位政策及細部規劃內容提送水頭商港環差報告，其申請開發行為之變更內容主要係將水頭港區營運形態由「貨運」轉變為「客運」。
　且申請變更陸上設施及位置、增設必要公共設施及景觀綠地等；整體而言，本次環差報告申請內容為政府預定投資興建之客運中心、碼頭船席及公共設施等，且依環境影響評估法施行細則37條、第38條相關規定進行檢討。
　經過環評委員充分討論後，主席於會議結論時宣布本案申請內容並不涉及環評法施行細則第38條之應重新辦理環評，故請縣府依據委員審查意見將環差報告進行補正後再送專案小組繼續審查。