航行小三通航道的船隻以及往來兩岸的旅客們注意了！航港局金門辦事處表示，現行小三通航道自九十三年四月二十三日經交通部、國防部會銜公告至今已達十年，邇來頻傳小三通貨船有未按公告指定航道航行情形，漁民也迭有反映違規船舶在金門北碇島水域直接穿越，顯然未依公告指定之小三通航道航行，對在該水域作業之漁船造成安全威脅。海巡署第九海巡隊接獲通報後已加強巡邏維護，交通部航港局除加強宣導外，並請金門縣港務處一起協助宣導工作，期以減少違規案件發生。
交通部航港局表示，近期接獲一起小三通貨船未按公告指定航道航行案件，該船於一○二年八月二十八穿越金門北碇島內側航道航向料羅港，且經海巡隊指派勤艇現場核對及拍照蒐證，違規事證明確，該局已依「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」第7條暫停受理該初犯違規船舶申請小三通航線計七天，以達嚇阻之效果。
交通部航港局重申，依前揭辦法第7條規定，船舶未依指定之航道航行，得廢止其航行許可，並按其情節，得對所屬船舶所有人申請航行案件，不予許可。該局為維護小三通航道航行之安全與秩序，該局將持續加強宣導工作，如有違規事件，查明後將依法處理嚴格執行。
另外，自十月一日將船班調回冬令時刻班表，航港局表示，進入冬令時節後，金廈海域東北季風逐漸增加，海上隨時會出現六、七級的風浪，多數旅客都表示相當不舒服，為考慮安全因素故改為冬令時刻班表；航港局強調，夜航並沒有停航，船班也沒有減少，預定在明年四月就會調整回來，最晚船班恢復七時啟航。