船舶法於九十九年十二月八日修正公布，為提升小船監理業務品質將原先第六十二條規定：「小船之檢查、丈量、註冊、給照，由船舶所在地之航政主管機關辦理；未設航政機關之地區，由直轄市、縣(市) 政府辦理」，修正為第七十三條第一項規定：「小船之檢查、丈量，由小船所在地航政機關辦理；其註冊、給照，由小船註冊地航政機關辦理」；惟考量航政機關接辦各縣市地方政府小船監理業務需相當時間籌劃，爰於同條第四項規定：「第1項由航政機關辦理之規定，其施行日期，由行政院定之」。
目前南部航務中心積極會同縣市政府及船主進行實船清點、基本尺寸量測及核對主、副機等資料，並告知於103年七月一日以後小船檢查及註冊業務由南部航務中心辦理。預計未來全國小船檢查、丈量、註冊及給照等業務回歸航政機關專責辦理後，將可統一全國檢丈標準及流程，落實船舶安全維護，有效提升小船監理業務品質，達成小船監理業務一元化之目標。
航港局南部航務中心轄區，本次擬移轉縣市有屏東縣、嘉義縣及金門縣(103年七月一日起業務移至航港局中部航務中心)等。