金門概念性總體規劃主題四：說明金門生態及文化環境的獨特性及不可複製性，點出在未來金門的發展中，保護及發展是可以同時並進的，包含對發展規模預測及水電自給自足的需求。
近年在國際潮流或公共輿論的倡導下，生態保護已經成為全球各國發展中的關鍵詞，如何在生態保護的前提下，追求合理的經濟成長，暫且拋下其中的政治角力及商業利益問題，基本上已經達成高度的共識。
金門面積155平方公里，生態環境與大陸型環境具有不同的特殊性及脆弱性，尤其易受到人為及自然的干擾後產生巨大的改變，進而可能衝擊到生存在島上人民的生活，因此金門縣概念性總體規劃希望金門未來的發展，應該在確保生態環境的低衝擊下，兼顧經濟發展、生態及文化歷史保存、生活品質的永續發展。
金門在解除戰地任務後才逐漸揭開神祕面紗，戰地政務也讓金門的自然及文化資源得以完整地保存下來，如島嶼生態資源、閩南及僑鄉建築聚落、眾多的戰爭遺址等，未來發展除了善用獨特資源成為金門發展的最重要基礎外，也應該確保這些資源不會在發展的過程中受到破壞。
有鑑於此，規劃團隊透過地理資訊系統（GIS）進行植物、動物、海洋、水文、地質的綜合敏感性分析，再考量生態結構安全性，最終提出總體生態功能分區，指出哪些區域該保護或復育，哪些區域可以合理開發利用，哪些區域可接受有限度的開發，將作為未來金門總體發展的初步依據。
例如，高密度發展區將是未來金門發展較為集中的區域，應承擔起主要的居住、商業、文化、生活功能，可承受較大的開發強度，但也應該加強生態補償措施，降低開發衝擊；低密度開發區主要包含大部分的自然村及農地，可適當地承擔居住、生活和生產的功能，但開發強度應受到明確的控制，以確保金門特殊的人文景觀和農田地景。
此外，穩定的水電供應密切關係到金門的長期發展，規劃團隊在確認未來的人口規模及產業架構後，提出了多元供水及低碳能源方案。
供水部分，雖不排除向大陸購水以取得低成本的用水外，但建議仍須配合現有水庫治理、海水淡化、海水沖廁、中水再利用、合理利用地下水（以金酒製造優先）等開源節流方式，盡可能確保金門供水的自主性及安全性。
供電方面，透過各類可再生能源成本、技術程度、可行性等分析，在確保供電穩定性的前提下，建議未來金門供電仍需有65%仰賴火力發電機組，過去令人擔心供給不穩定的風能及太陽能，則希望能建置智慧電網及儲電設備來提升供電穩定性，負擔35%的供電需求。
規劃方案中提出一些比較大膽的嘗試，如海水沖廁、智慧電網、儲電設備等，目前在國際上已經有很多成熟的成功案例，雖然建置成本相對較高，但對於金門的永續發展卻相當重要，規劃團隊認為可在新開發區域（如水頭港）的落實作為示範，讓這樣的概念從理想變成前瞻的建設，不再只是停留原地的美好想像。
規劃團隊仍深切的期盼，金門在面對重重艱難時能夠拿出魄力及執行力，如果現在不開始，就沒有更美好的機會，這也是推動概念性總體規劃的重要動機。