有鑑於石蚵養殖生產方式獨特，為保留此深具歷史及文化價值之產業，行銷當地特殊的石蚵產業特色，目前金門縣政府已於今年3月29日啟用「金門縣石蚵產業文化館」，期能對當地石蚵產業文化的永續發展，提供教育、傳承與推廣之目的。然而，傳統石蚵養殖隨著從業人力的老化、流失，加上受其他養殖方法的替代，此一特殊生產方式以逐漸式微；再則，近年來沿海牡蠣養殖產業屢發生牡蠣減產情事，亦對本縣沿海牡蠣養殖造成威脅。
根據水試所近年委託相關學術單位進行相關監測及調查資料顯示，牡蠣發生病變可能與生殖、密度太高、季節性或其他外在影響因素(如潮間帶淤泥)有關，（確切結果待進一步檢驗研究確認後另行發布）。
由於所涉及之層面涵蓋水體環境、生態、文化、工程改善……等專業領域，建設處為針對牡蠣養殖環境劣化、淤泥堆積及減產等情事研提因應對策，遂於103年5月3日偕同水試所邀集國立台灣海洋大學環境生物與漁業科學學系歐慶賢教授、河海工程學系林炤圭副教授和黃偉柏助理教授，以及機械與機電工程學系楊國誠副教授等多位專家學者，進行牡蠣養殖場初步勘查，並於6月10日完成複勘。勘查結果初步就目前金門整體牡蠣養殖產業環境及淤泥堆積問題，綜合歸納出幾項可能的負面衝擊影響因子，包括：
一、石蚵養殖因養殖人口外流，以致生產區疏於管理，使得養殖用之石條逐漸淹沒及損毀。
二、大陸海域因填海造地開發，以致水體懸浮質濃度增加，影響沿岸養殖區之水體品質，同時易造成近岸波、流及海岸輸砂機制之改變，連帶影響近岸潮間帶環境的變異。
三、九龍江河川輸砂之衝擊。
建設處翁自保處長表示，有鑑於造成沿海牡蠣養殖生產的可能威脅影響因素眾多與複雜，基於對沿海牡蠣養殖產業與文化的永續發展整體考量下，實有必要針對相關可能影響因子，進行更全面性的深入探討，並研提相關對策因應。經與相關專家學者討論研析後，縣府未來擬透過水體與生態環境監測、生態調查、文化產業及工程改善等整合性調查研究計畫之推動，逐步有效率且經濟的達成健全沿海牡蠣養殖環境的永續發展目標。