近來地區牡蠣養殖產業屢屢發生牡蠣開殼死亡或收成欠佳的現象，為解決此一問題，縣府責成水試所自101年起連續兩年委託國立嘉義大學鍾國仁教授研究團隊執行「金門石條式牡蠣養殖生產區環境與牡蠣健康監測」及第二年執行「金門石條牡蠣養殖生產區牡蠣族群動態研究」調查研究計畫，獲得初步成果，研判超高的養殖密度與季節性生殖造成牡蠣健康低落而死亡為主要原因。
縣府建設處表示，金門的牡蠣養殖已有悠久的歷史，養殖方式多元，包括石條式養殖、插枝式養殖、浮筏垂掛式養殖與固定架平掛式養殖。近來浦邊、洋山一帶養殖漁民反映養殖牡蠣的死亡率有升高的現象。為了延續具備悠久歷史的傳統產業，解答漁民的問題與探討海洋生物死亡的原因，經國立嘉義大學鍾國仁教授研究團隊的深入研究，設定以古寧牡蠣養殖生產區為主要調查點，並以該區的野生牡蠣與西園的野生牡蠣做為參考的物種，而以翟山海域為環境監測的參考點進行研究。
經去年七月至今年五月進行六次調查發現。比較養殖區與參考區的水質分析結果與浮游生物的組成，由浮游生物群聚分析結果顯示三個水域為獨立的，參考水域做為環境指標是具有意義的。現場測定與水質分析及浮游生物的豐度、大類種與歧異度比較結果顯示金門地區牡蠣養殖區海域環境品質尚屬良好。
由研究結果也可看出，各次採得的牡蠣檢體的體重分布顯示各族群的體型皆極端偏小，造成這種現象應是密度太高所致。密度高造成激烈的空間競爭，也產生局部性食物的競爭。族群高密度的現象常發生於潮間帶高繁殖率的生物，牡蠣即屬於這類動物；這類動物於幼年期高的死亡率為普遍的現象。由研究發現，本年度古寧養殖區牡蠣罹病率顯著低於上個年度，可能與本年度族群密度低有關，因為低密度，使牡蠣具有較佳的健康狀況。
此外，經過冬季群體脫落疏空與水溫逐漸上升，1月後，牡蠣體重快速增加。至4月後，牡蠣的成長受阻、肥滿度下降同時死亡率有上升的趨勢。調查結果顯示，養殖牡蠣季節性大量死亡常與生殖有密切的關係。據鍾教授於2005年調查報告指出：「台灣中南部牡蠣於冬季繁殖季節亦有死亡率偏高的現象」，而在溫帶地區，牡蠣於高水溫季節排卵亦被列為大量死亡的主要原因之一；同時，高溫使牡蠣更不能適應老化的養殖環境。牡蠣的配子排放量非常大，短時間內肥滿度既大幅下降；生殖腺與肝臟都會大幅萎縮，顯示牡蠣能量儲存非常少，亦表示各種代謝機能衰退，免疫機能亦應下降，無法應付潮間帶環境的劇變與疾病的侵襲，由本年度調查結果顯示，進入繁殖季節後，牡蠣的肥滿度有下降的現象，死亡率亦有上升的趨勢。
而西園生產區的野生牡蠣的死亡率顯著高於古寧的養殖與野生牡蠣應是累積死亡率造成的。古寧石條式養殖法於每次採收會完全剷除石條上的牡蠣，因此不會累積過去的死亡牡蠣，所以本年度累積死亡的牡蠣顯著較少。
在牡蠣檢體組織切片等病理檢查方面，結果顯示組織病變率約有42%，其中以高溫季節的狀況較為嚴重。
另外，為因應呂厝、洋山養殖區蚵民反映牡蠣死亡的現象，執行本研究計畫的鍾教授特別於6月份蒞金實地勘察採集洋山、呂庴插枝式養殖牡蠣檢體與附於當地野生石礫上的牡蠣檢體，同時與古寧頭養殖區之牡蠣檢體做比較分析，結果顯示，插枝式養殖牡蠣的肥滿度有顯著低於附於石礫上的野生牡蠣的現象，由此可知，養殖管理不善與高密度不利於牡蠣的成長。而洋山牡蠣的組織病變狀況相似於古寧養殖牡蠣有發炎現象，但未發現嚴重病變組織，因此，組織病變應不致造成牡蠣大量死亡。同時，在本次的調查結果中也發現，於呂厝養殖區牡蠣檢體內採得一株嗜鹽性弧菌(Vibrio vulnificus)，但未能證明為牡蠣致病菌。因屬嗜肉菌，所以牡蠣不宜生食，請養殖戶須注意工作安全。
建設處表示，由於漁村養殖人口老化，依靠牡蠣養殖維生的戶數減少，採收的人數也相對減少，作業方式亦不似早年養殖戶每年皆只採收一季，並且遵照古法，細心照料，進行倒石、石、豎石等養殖管理措施，且到了清明後蚵民也幾乎轉往農田以務農為業，而在蚵田裡的牡蠣苗也均是新一年級群所附苗的新牡蠣，由於新牡蠣體積小密度低，食物充沛，而能獲得較佳的生存空間與營養而成長；也因為養殖管理佳，發生牡蠣死亡的機率也相對減低很多，所以，建設處也要呼籲鼓勵養殖戶：積極做好養殖管理，定期採收老牡蠣，勤於更新附苗載體、並避免高密度養殖，使牡蠣擁有適當的養殖成長空間，相信一定能提升牡蠣活存率而減少死亡的現象。
有鑑於造成沿海牡蠣養殖生產的可能威脅影響因素眾多，為確保漁民的收益，縣府刻正研擬相關牡蠣養殖輔導與監測措施，未來擬透過水體與生態環境監測、生態調查、產業輔導及工程改善等整合性調查研究計畫之推動，逐步有效率且經濟的達成健全沿海牡蠣養殖環境的永續發展目標。