針對全國教師工會總聯合會對本縣國中小校長遴選提出質疑乙節，金門縣政府說明如下：
一、依據「國民教育法」第9條規定略以：「國民小學及國民中學各置校長一人，綜理校務，應為專任，並採任期制，任期一任為四年。……其相關規定由直轄市、縣（市）政府定之。縣（市）立國民中、小學校長，由縣（市）政府組織遴選委員會就公開甄選、儲訓之合格人員、任期屆滿或連任任期已達二分之一以上之現職校長或曾任校長人員中遴選後聘任之。……其相關規定由縣（市）政府定之。
二、為利辦理校長遴選相關事宜，本府除依上開法規規定辦理校長遴選外，業於103年5月7日以府教學字第10300039712號函修訂「金門縣國民中小學校長遴選要點」在案，並於103年5月27日以府教學字第1030045571號函頒「金門縣102學年度國民中小學校長遴選簡章」辦理本次校長遴選相關事宜，先予敘明。
三、上開校長遴選要點明訂「金門縣國民中、小學校長遴選委員會」置召集人一人，由本府秘書長兼任，委員九至十一人，由本府聘（派）任之，其中應有「教師代表」和「家長會代表」參與，再予敘明。
四、本府組成之委員會除由本府秘書長擔任召集人外，另聘請台省專家學者，與社會公正人士參與，其中為考量實際需要，每校均有浮動委員4人，包含教師代表與家長代表各2人，並請學校於推薦教師代表時「優先推薦該校參加教師工會之兼職、未兼職教師代表」，目的就是讓整個校長遴選更臻公平，且由遴選學校推薦參加教師工會之教師代表更能實際瞭解該校之校務運作與現場教學狀況，目的是為了讓每個學校選出最符合擔任該校之校長人選，並無有所謂官方主導遴選之說。
五、本學年度辦理二階段校長遴選，第二階段校長之候選人除有現任校長之外，另其他候選人皆具有本府儲備候用校長且經訓練合格之人員，候選人之教育理念與治校理念皆有相當之教育專業，為免候選人皆選同一學校，因此各候選人有3個自願序選填學校，本府皆尊重候選人所填志願序辦理本次校長遴選。
六、本案第二階段遴選委員會訂於103年7月19日假本府第一會議室舉行，透過各候選人治校理念說明與委員詢答等程序，評定成績以各遴選委員評列名次總和計算（若名次總和相同，則比較評定總成績，以總分高者為優先，並由遴選委員會委員半數通過向縣長舉薦），由本府依委員會排序由高至低選出(因每位候選人有3所學校志願序，需有遞補機制)每校3名候選人，並依程序恭請縣長圈選，以本次遴選校長為例，縣長均尊重遴選委員會所排序與候選人之志願序來作決定；綜觀目前無論大學校長、公務人員甄選皆有提列前3名之機制且明定要點在先；本次遴選在公平、公正、公開之作業下，就是為了選出地區國中小優秀之校長。
七、對此，教育部國民及學前教育署長吳清山表示，校長遴選是地方權責，「縣長圈選校長」符合現行國民教育法規定，但遴選過程仍要公平、公正、公開，地方政府如果有違法問題，教育部會加強督導。