金門農工規定自本學年度開始，學生必須依規定準備長袖運動上衣檢查，卻意外引起一場制服風波；因此，學校已將檢查的時間延到十一月一日。如今，學校已經重新公布長袖運動服的樣式—樣式與短袖相同，但質料須加厚，袖子須加長。金門農工歡迎有意願銷售的廠商提供品質好的衣服供學生選購。
根據金門農工學務處的說明，去年11月3日，該校在小金門舉辦家長座談會時，曾有家長反應：冬天時，學生穿著短袖運動服裝套在羊毛衣上，既不好看也不夠保暖，建議讓學生在換季時改穿長袖運動上衣。
因此，在校方上學期曾多次的向學生宣導，請同學向商家表達需要購買長袖制服的意願。校方原訂擬於103新學年度檢查，但卻因為沒有公告樣式，引起風波。
校外的反應是：金門農工已有十多年未要求學生穿著長袖運動服，今年臨時宣布學生必須於九月二日攜長袖運動衣至學校檢查，但全金門僅有一家服裝店（位於金城）事先備有存貨，此事是否有私下傳遞訊息的情形？金門高職位於金湖地區，為何金湖地區的店家卻一無所知？
根據金門農工的回應，由於制服的樣式未變，因此起初未加以公告，後來為避免引起誤會，決定重新辦理公告。