目前在積極規劃中的金門港水頭客運中心，總工程預算一十八點七四億元，預計興建地下一層、地上三層的旅運大樓；未來，水頭客運中心可服務一年三百五十萬至五百萬人次旅客，同時也能讓所有民眾自由地從景觀綠屋頂公園遨遊，同時感受海港風情與戰地風光，是一處兼具交通便利、休閒旅遊及獨特意象的創新景點，也成為金門國際門戶。
金門港水頭客運中心新建工程經由國際競圖，選出由日本「石上純也建築設計事務所／石上純也／日本」與「九典聯合建築師事務所／張清華／台灣」共同合作設計，業已於今年八月十四日簽約，並於九月一日辦理鑽探作業，九月二十四日提交整體規劃報告書，九月二十九日向交通部推動金門商港建設督導小組進行先期規劃作業簡報，十月二十六日提交第一次修正後整體規劃報告書，目前刻正辦理第二次修正整體規劃。
石上純也建築師和九典劉柏宏專案建築師在前幾天率領設計團隊(設計師：濱野友德、杜曉民)共同向縣府工務處、金門縣港務處、衛生福利部疾病管制署，以及PCM誠蓄工程顧問股份有限公司等機關單位說明前置整體規劃設計進度概況。
於抵金說明水頭客運中心新建工程前置整體規劃進度時，石上建築師分別就客運中心聯外交通動線、航站區內出境動線流程、入境動線流程、貨運物流動線、商業空間配置、全區剖面示意、大廳及建築外觀透視、需求面積對照等向各單位說明。
該設計團隊並就業務單位所提整體架構原則與需求進行回應說明，也聽取各單位所提出的意見與建議。該案最基本核心價值在於希望能夠讓各類車輛(包含大眾運輸)順暢地與客運中心銜接，同時也能滿足停車需求。最重要的是，讓所有出入境旅客的通關動線保持流暢、舒適，未來不論是證照查驗、證件辦理、落地簽等空間，都足以服務往來旅客，並且在通關時間方面可以達到快速輸運的效益；最後則是讓所有旅客能夠開心、快樂地體驗獨一無二的金門水頭客運中心。
縣府工務處表示，此案未來將成為金門國際門戶，也是大型特殊景觀地標，設計團隊與PCM公司很認真在為此案付出心力，犧牲周休假日來與業務單位進行說明；另，工務處與港務處也會全力協助設計單位完善規劃未來客運中心的功能性與機能滿足，期許水頭客運中心可以展現金門的特色與風貌，成為金門的驕傲與榮耀。