擴大自然村可建築用地、檢討自然村土地使用管制、放寬斜屋頂限制並給予獎勵，以及重要傳統聚落保存維護，是縣府刻正積極推動之自然村改革方案，據縣府表示，多項整體規劃及都市計畫檢討計畫自101年起，即已積極推動，包含全島都市計畫第二次通盤檢討、自然村分類分級及治理、各鄉鎮自然村細部計畫、多處都市計畫整體開發及融合傳統風貌新建獎助等，相關計畫亦正陸續進行中。經由全島調查分析後，梳理全島聚落目前現況，透過分類分級治理，確實達到保存重要聚落，並能顧及土地開發需求之目的，投入開闢完善公共設施，提供更多住宅用地，提升「住」的環境品質，滿足「住」的生活需求。
有關擴大自然村範圍，縣府已透過金門特定區計畫第二次通盤檢討辦理中，並於本年六月下旬起，下鄉辦理三十餘場說明會，聽取民眾之意見，並將建議納入計畫檢討。
再者，縣府甫完成「金門特定區自然村專用區分類分級及治理整體規劃」之結案成果，由江柏煒博士親自操作規劃，提出分級治理的構想，用以落實到爾後各處自然村專用區細部計畫土地使用分區管制，作為研擬管制規定之指導原則。有關自然村專用區分類分級後，將自然村劃分為三種專區：1、重點保存聚落及傳統風貌聚落，劃設為第一種自然村專用區。2、局部保存聚落，劃設為第二種自然村專用區。3、景觀生活社區及現代發展社區劃設為第三種自然村專用區。另針對幾無傳統風貌之聚落之現代發展社區將回歸到「住宅區」予以管理。
據縣府建設處表示，爾後自然村專用區將不同於目前所採用之「審議制度」，其一、非保存區域之樓地板面積將適度透過容積移轉接收及低碳建築之獎勵，酌予增加樓地板面積。其二、簡化建築案件送審流程，經由完善的公共設施及道路系統之規劃，在符合土地使用分區管制之規定條件下，直接申請建築執造，免去目前「審議」之程序。其三、部分第二種及第三種自然村土地，因不屬保存聚落風貌區域，將不受斜屋頂設置之限制。且第三種自然村，將從原本容積率180％調整為240％，增加其建築強度，可以蓋到四樓以上，並可作為容積移轉接收基地，所擴大之自然村範圍，將配合進行公共設施開闢興建，引導土地開發能有秩序的向聚落外圍發展。對於設置斜屋頂之檢討部分，建設處長翁自保表示，未來縣府將配合推動「建置金門低碳島計畫」，並結合經濟部陽光屋頂政策，鼓勵民宅設置綠屋頂及太陽能屋頂，將現行設置斜屋頂規定檢討改善，而針對解除農業區斜屋頂規定，亦將於近日提交本縣都市計畫委員會審議，使農舍興建能更符合低碳建築及綠色景觀之效能。