地區101年因發生豬隻口蹄疫個案，致使農委會於101年2月4日公告禁止本縣偶蹄類活體動物輸往臺灣及其他離島，經本縣全體獸醫農政人員努力下，終獲農委會認可，同意本縣偶蹄類活體動物自104年1月15日起即可依已修正之「動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則」申請銷往臺灣及其他離島。
　縣府表示，農委會此項政令，除對本縣防疫作為表示認同外，亦適時紓解地區牛隻逐日增多之困境，並立即穩定地區畜牧產業之發展。
　經查本縣自101年1月發生豬隻口蹄疫個案，行政院農委會即自101年2月4日起即禁止本縣偶蹄類活體動物及其產品銷往臺灣，期間並於102年10月15日發布第2次禁令(管制期間為102年10月15日至103年10月14日)，再於103年10月15日發布第3次禁令(管制期間為103年10月15日至104年1月14日)，依動物傳染病防治條例第28條第1項第1款規定，禁止本縣偶蹄類動物輸往臺灣及其他離島，故本縣偶蹄類活體動物，包含活牛、豬、羊、鹿等皆於前揭禁止期間內無法銷往臺灣及其他離島。
　縣府對此案極為重視，指示地區防疫單位及各鄉鎮公所務必加強本縣各項防疫作為，以爭取地區牛豬等活體動物能早日銷往台灣。在此禁令禁止期間，在本縣獸醫及農政人員之努力下亦不斷加強地區防疫作為，終獲農委會同意以2階段方式進行地區偶蹄類動物畜牧場及肉品市場之血清學監測，以確定是否為可接受之風險評估範圍，並於103年12月15日行政院農委會防檢局召開之「第9次豬瘟、口蹄疫及重要豬病防治諮詢小組會議」認可。
　有關「本縣偶蹄類動物活體輸臺風險評估及配套措施」乙節，該會議並決議：本縣第2階段風險評估經專家審議屬可接受風險，近期將修訂「動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則」納入下列2點風險管控措施後，本縣之偶蹄類動物即可依該規則辦理輸臺作業。第1點係「運出金門、馬祖地區豬隻以外偶蹄類動物來源場，每半年抽檢動物口蹄疫NSP抗體及血清抗體之頻度，調整改為每3個月監測1次」，第2點「運抵臺灣之偶蹄類動物逕送本府指定屠宰場屠宰並於24小時內屠宰完畢」。
　現有關本縣偶蹄類活體動物銷往台灣之「動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則」第4條、第6條、第7條，業已經行政院農業委員會於本（104）年1月9日以農防字第1041470606號令修正並發布施行，故本縣轄內偶蹄類活體動物及其產品自104年1月15日起即可依前揭檢查規則申請銷往臺灣及其他離島。
　建設處長翁自保表示：本次能短時間內獲農委會同意地區偶蹄類活體動物銷台，成果實屬不易。他除了特別轉達陳縣長肯定之意，也對地區防疫同仁及各鄉鎮公所獸醫之努力不懈表達感謝。
　翁自保說，為利本縣偶蹄類活體動物未來能持續銷往臺灣及其他離島，務請本縣牛、豬、羊、鹿等各類農民產業團體務必依「動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則」持續配合口蹄疫疫苗注射，另亦請本縣防疫所及各鄉鎮公所應持續加強疫苗注射及抽血監測檢驗，以共同維護地區未來畜牧產業發展。