針對廈門港口管理局於昨天通知自今（10）日起，已施行十個月的小三通階段性優惠票價方案將取消，同時票價將微幅調整為人民幣125元一案，金門縣府表示，對於廈門有關當局自行評估票價成本後逕行調價，我方管理機關交通部航港局又協調不力。對此，縣長陳福海表示，不能接受並要求航港局積極協調台籍客輪維持階段性優惠不得取消，同時應有全面開放小三通市場的準備。
據金門縣觀光處提供資料，自2014年4月25日金廈航線從東渡碼頭整併到五通碼頭後，兩岸有關部門經過協商後協調雙方船公司採用階段性優惠票價方案，陸方船舶由人民幣130元／張調至現行人民幣110元／張，我方船舶則由新台幣650元調至現行新台幣550元／張。不過廈門港口管理局卻在昨日公告，陸方各船公司自2015年3月10日起施行，廈門至金門海上客運票下調5元，即由原130元人民幣調整為125元人民幣，並正式對外發佈票價調整公告│老人（65歲老人）、兒童（12歲以下）優待票人民幣65元；嬰兒（2周歲以上） 人民幣13元，同時須另加碼頭建設費和保險費人民幣30元。
觀光處長王中聖表示，有關小三通的票價問題是縣長陳福海上任後特別關心與重視的課題，陳縣長除了責成觀光處應積極與交通部航港局及廈門港口管理局努力溝通，並在1月21日交通部航港局祁文中局長拜會時，要求祁局長能針對小三通票價做降價幅度的通盤檢討，以回應民眾期盼。2月12日在交通部航港局召開小三通票價研商會議前，縣長陳福海更再度電請祁文中局長能協助促成小三通票價調降，未料昨日卻傳來陸方片面調漲的訊息。
王中聖說，作為國內航政的主管機關交通部航港局簡直毫無作為，近年來國際油價持續下跌，小三通航程從東渡移到五通後運行時間更節省一半以上，加上去年度小三通人流更創下新高，在這樣的情況下航港局沒有積極協調降價就算了，怎能任由陸方與船商予取予求。
縣府表示依航業法第22條規定：船舶運送業經營固定航線之客、貨運價表，應報請航政機關備查，前項運價表，航政機關認為有不合理或不利於國家進出口貿易或航業發展者，得令業者限期修正，必要時得暫停全部或一部之實施。據此航港局就可以積極主動協調陸方及我方業者暫緩調整小三通票價，並要求我方航運業者檢討現行小三通票價之合理性以維護兩岸旅客的權益。
觀光處長王中聖強調，雖然陸方片面宣布調整船價勢在必行，但觀光處在縣長陳福海的指示下，已開始針對小三通票價成本結構分析委請專業學術單位研究，同時評估仙洲號等縣籍客輪投入小三通航線營運的可能性，接下來也將請縣籍立委楊應雄要求航政主管機關交通部航港局將目前小三通航線同意權，由審查制改為開放制，使更多船商能夠加入自由競爭，同時訂定客輪退場評分標準讓票價與服務更具合理性。