為提升兩岸小三通客運固定航線服務品質，交通部航港局多次邀集離島地方政府及港口管理單位開會協商，擬定「經營離島兩岸通航港口與大陸地區港口間之客運固定航線審查作業要點」，針對兩岸小三通客運固定航線營運許可進行審查，對於服務品質欠佳及營運不善之業者將有淘汰機制，以加強對小三通航線之管理與約束。
　有意經營兩岸小三通客運固定航線之業者，可於每年5月1日至15日擬具「營運計畫書」及「試辦離島兩岸通航定期固定航線申請表」向交通部航港局申請營運許可，交通部航港局將成立審查小組進行申請案之審查，針對船舶票價、船齡、航班穩定性、旅客服務品質、安全管理等項目進行評分，並依評分結果及各小三通航線之需求量分配營運許可之船舶。
　交通部航港局已於104年4月2日發布實施「經營離島兩岸通航港口與大陸地區港口間之客運固定航線審查作業要點」，並登載於交通部航港局官方網站（網址為：www.motcmpb.gov.tw）／下載專區／航務類項下，歡迎有意經營兩岸小三通客運固定航線之業者依規定提出申請。