根據財政部關務署表示，為了解大陸小三通通關作業情形並反映我方業者關切問題，該署除透過兩岸經濟合作委員會海關合作工作小組向陸方海關積極反映外，並已於6月上旬參與行政院大陸委員會率領經濟部國貿局、金門縣政府和海基會等單位之參訪團，前往大陸福建廈門，實地了解當地貨物通關情形，並與大陸國臺辦及相關主管部門、廈門及福州海關主管人員、兩岸業者進行溝通座談。
　由於過去陸方對於小三通貨物管理較為寬鬆，常常產生業者以多報少、夾帶非法物品等違法情形，爰陸方加強監管措施，改善監管點通關設施，希望小三通能合法有序發展。
　關務署進一步表示，業者關心小三通申報及通關緩慢等問題，陸方說明如下：
　一、陸方表示，小三通仍持續開放運作，惟部分港口或因無業務予以關閉，或因港埠設施不足，俟整修改善後重新開放。查以往大陸廈門地區小三通口岸計有16個監管點，目前正常運作9個（廈門大嶝、東渡同益、泉州南安石井、泉州晉江圍頭、石獅石湖、雲霄礁美、東山銅陵、詔安田厝、泉州肖厝等，後3個刻正完善相關碼頭設施）、整改中2個（漳州龍海浮宮一比疆、泉州后渚，因監管條件不符要求，正進行整改，一比疆近日整改完成通過驗收，即可從事進口業務）、關閉無業務需求之港口5個；另福州關區對臺小額貿易點有13個，正進行清理改善，目前已開展業務的有福清南青嶼、長樂松下及連江黃岐3個。
　二、大陸海關將「小三通」小額貿易區分為農水產品、食品及臺雜貨，農水產品及食品兩類目前享有優惠措施，且通關大致正常，惟臺雜貨方面因考量包裝、數量、價格等因素，大陸方面已引導業者將部分產品轉往「大三通」或海運快遞方式運送，以符合經濟效益。
　三、我方業者反映報關採巿場價格認定不合理，經詢陸方海關表示，現採取原始成交價格申報，業者如能提供成交價格發票或出具工廠證明，就可採納，不然就從海關查價系統查價；至大陸海關要求進口貨物報關時應填寫實際收貨人資訊部分，實際操作上，我方「小三通」業者將實際收貨人資訊提供大陸清關公司（貿易商）後，該公司應統一報關並承擔最終報關責任。
　四、大陸海關採取透明包裝、分類的方式，若有過度包裝無法辨識或模糊分類的情形，將增加查驗機率，進而影響通關效率，如採透明、可辨識方式包裝、分類，一個棧板仍可置放不同品項貨品。
　五、業者反映貨物採逐批查驗及違禁品處置方式不合理情形，經陸方整頓小三通口岸後，已逐步回復正常，如無違規情事，將調降查驗比率，但風險高者仍會加強查驗，目前大陸廈門進口之臺灣出口貨品倘有爭議，大陸廈門海關已同意將申報不符或有問題的進口貨品予以扣貨，其餘先放行。
　六、業者反映出口大陸貨物清關速度緩慢，據大陸廈門海關說明，今年5月份起「小三通」貨物之查驗運作逐漸正常；我方業者亦表示，以往1艘船貨通關約需9-10天，現在1週可處理2艘船貨。
　關務署檢視103年11月至104年5月小三通貨物出口相關統計資料，顯示小三通貨物有回溫現象。該署呼籲小三通相關業者，如於正常通關程序上遭遇困難，可向該署聯絡窗口反映，海關將透過兩岸經濟合作委員會海關合作工作小組即時向陸方海關提出，俾解決業者小三通貨物通關問題。