經金門馬祖澎湖入出大陸地區多次入出境許可證俗稱金馬證，今年6月1日起改以晶片卡製發，因卡片製作無法於工作天數內核發，金門縣服務站於檢討會中提案經移民署核可，地區金馬證晶片卡自8月1日起改由離島自行製作核發證件，大幅縮短發證時間，提供民眾更便捷服務。
內政部移民署南區事務大隊金門縣服務站表示，90年小三通施行，原內政部警政署入出境管理局依據「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」，於89年12月19日成立金門服務站，辦理金門與大陸小三通旅客入出境證件之申請許可核發。因初期國人僅設籍金馬地區居民及在大陸的台商可適用小三通，才有藍本金馬證，供持憑查驗經金馬往返大陸地區。
移民署金門縣服務站表示，舊式紙本金馬證礙於頁數限制，且攜帶不便、易污損，自6月1日起改以晶片卡製發，新實施的晶片卡僅有國民身分證大小，不但便於隨身攜帶且具膠膜護貝防偽功能，於自動通關感應區更易辨識可更快速通關。
金門服務站指出，自104年6月1日起金馬證改成晶片卡型式，雖然面積變小便於攜帶，但因卡片製作流程需由臺北製卡中心統一集中製證，再寄送各服務站，礙於金門地區地處外島會常因天候因素班機停航，導致無法於工作天數內核發證件，而使民眾預定規劃之赴陸行程受影響，鑒於影響民眾權益重大，故為確保金馬證能排除天候因素干擾如期核發，移民署金門縣服務站於該署新移民管理系統運作檢討會議，提案金馬證晶片卡由該站自行製發，以徹底解決證件因天候因素無法如期發證之問題，經該署本部評估從善如流，同意自今年104年8月1日起金馬證晶片卡改由離島自行製作核發證件，同時空運製卡機器等設備並派員專程抵達金門辦理教育訓練，以確保製卡工作能無縫接軌，雖然製卡過程增加該站同仁之負擔，但該項調整措施，不僅能讓證件如期核發，更讓證件製作保有彈性空間，提供更便捷快速之便民服務。