經過各方多年的推動與爭取，金門醫院今日終於成功與台北榮民總醫院（北榮）正式結合，未來金門醫院將由衛生福利部、北榮、以及金門縣政府共同經營，金門地區的醫療品質將大幅提升，醫療在地化也進一步得以落實。
楊應雄委員表示，金門與其他偏鄉離島一樣，都面臨醫療資源嚴重不足的窘境，而醫療後送的奔波與勞頓，更是鄉親長期的痛。因此在他擔任立委後，一直大力為金門醫院爭取經費與資源。且由於北榮是不少金門鄉親醫療後送之處，許多民眾已對它有相當的信任與依賴，因此，積極推動金門醫院併入退輔會的北榮體系內。
楊應雄說，其實讓金門醫院成為北榮分院的倡議已久，他在前年便正式提案建請退輔會研議讓金門醫院成為榮民總醫院之分院，該案並獲委員會的通過。惟真正讓該案有所進度是解決了幾個關鍵性問題：首先是，金門醫院的折舊問題。由於離島或偏鄉醫院設備折舊費衝擊營收，績效不佳，醫師、醫事人員的獎勵金都受影響。遂於102年12月5日召開協調會，請衛生福利部研議修改「公立醫療機構人員獎勵金發給要點」。衛福部則在103年6月26日函報行政院同意有關「公立醫療機構人員獎勵金發給要點」修正草案之第4點第2項修正案，使金門醫院可減少支出每年醫療大樓所攤提1,757萬元的折舊費用、以及未來縣府捐贈補助購置之資產折舊數額。
再者係醫事人員合作培訓的問題獲得解決。北榮長期對金門的支援計畫主要包括IDS及「醫中」計畫，而在103年5月22日召開協調會後，北榮進一步完成金門專案契約主治醫師模式擴大適用其他部科、成立由副院長擔任召集人的「金門共同經營小組」、辦理金門醫療計畫支援人員團體傷害險等事項，讓雙方的結合更加奠定了基礎。
最後是「合作經營」的模式確立。楊應雄委員起先是希望金門醫院直接納入北榮，成為金門分院，但由於牽涉的問題甚廣，要完全併入恐遙遙無期。衛福部今年1月與退輔會、以及楊應雄委員溝通協調後，決定在金門醫院尚未改制成北榮金門分院前，將先由衛福部、北榮、以及金門縣政府共同經營」的方式來營運。