為實施建築管理，有效執行建築法有關違章建築之處理規定，金門國家公園管理處訂定「金門國家公園違章建築處理要點」，並於民國104年10月14日發布施行，金管處呼籲民眾有建屋需求應委託開業建築師及營造廠商以合法程序申請建築，以免觸法。
金門地區因近年來人口成長居住需求逐年增加，建築行為頻繁，違建產生有其特殊地域背景及複雜性，金管處為有效管理違建處理事務、執行區內違建查處任務，並考量違建管理基準一致性及切合實際執行需求，已參酌金門縣政府及各友處之規定，訂定「金門國家公園違章建築處理要點」，並於民國104年10月14日發布施行。
金管處指出，該要點配合違章建築處理辦法民國101年4月2日修正日期劃分新違建及既存違建，也明訂舊違建劃分日期以戰地政務解除後，於民國81年11月5日頒布金門馬祖建築法適用地區外建築物管理辦法，正式將金門縣全區納入建築法管轄範圍為基準。
金管處說明，該要點也訂定違建拆除處理執行期程、程序違建及實質違建罰鍰比例、強制拆除達不堪使用認定標準、違建存在時間判定依據及違建修繕尺寸之容許誤差等條文，以為執行違建查拆之依據。
最後金管處再次呼籲民眾，若因家中人口成長有實際居住需求，應委託開業建築師（設計人、監造人）及營造廠商（承造人）以合法程序申請建築，以免觸法。