邁入第九個年頭，2016金門馬拉松賽將在農曆金猴年春節過後，於二月二十八日在國立金門大學登場，並延續上一屆成功賽事基礎打造戰地軍事文化風特色國際大型路跑賽事，以及促進兩岸體育文化的交流。
　今年的金門馬拉松賽，也將特別在賽道沿線增加五處偽裝網及槍砲音效等裝置亮點，希望能給參賽者帶來更多「戰地風光」視覺與聽覺的體驗。
2016年的金門馬拉松賽，由國際AIMS組織認證賽道及成績，隨著舉辦日期的接近，縣府先前也召開分工工作協調會，逐組就負責工作內容提出討論和協調。而警方今年增加緊急醫護通訊聯繫，適時透過警網通報119，發揮緊急救護時效，確保選手的健康和安全。
去年底，縣府跨海到大陸廈門市藝文中心舉行新聞發布會，介紹金門馬拉松和邀請大陸各界赴金門參加，以及旅遊品嘗金門美食及金門高粱美酒。
金門馬拉松賽年年吸引許多中外長跑好手參加，今年延續往年的報名熱度，在開放網路報名時，五千個競賽組名額在短短十八分鐘內被「秒殺」一空，顯見這項在離島開賽的國際體壇盛事，受到歡迎的程度。
2016金門馬拉松賽項目暨報名員額，分別為全馬二千五百名，半馬一千八百名；十一公里路跑七百名。另也將邀請肯亞四名（男女各二名）優秀選手參賽，其他也有逾六百名大陸選手報名參賽。
　金門馬拉松也是開春體壇盛事，也是獎金最高的一項競賽，男子總獎金為二十萬元、女子為十萬元。而為鼓勵選手再創佳績，2015年金門馬拉松國內全程馬拉松組男子總名次前五名，女子總名次前三名。半程馬拉松組男子及女子總名次前三名。
在獎勵突破紀錄上，金門馬拉松也砸下重金，主辦單位表示，凡突破男子馬拉松二小時十分二十四秒及女子二小時二十七分三十六秒者，再各頒給十萬元獎金。另外，破金門馬拉松場地紀錄者，也頒發十萬元、半程另頒發五萬元，以及國內選手破國內馬拉松賽紀錄保持人紀錄者，再各頒十萬元獎金，希望藉由獎勵能刺激與會選手的成績能更上一層樓。
此外，為鼓勵全民運動，金門馬拉松賽也有免費報名參加休閒組五公里路跑，大會將於當日上午六時在會場休閒組報名區發放號碼布及活動紀念T恤，當天也將進行起點及中途點認證，完成全程者憑驗證章或卡及號碼布上兌換券，將可獲得金門酒廠提供2016金門馬拉松紀念品一份，每人限領一份，名額有限，發完為止。