金門地區因地形條件及天候變遷因素，水資源取得及維護不易，雖然本縣井水絕大部分為民眾洗滌、灌溉之用，惟部分民眾對自來水品質有疑慮或於缺水之際，可能考慮以井水來作為飲用水源，有鑑於此，為確保民眾所使用之「非自來水水質」用水安全，環保局每月針對各鄉鎮之水井進行抽驗，以確實掌握各鄉鎮非自來水水質之狀況。環保局並呼籲民眾，勿以井水作為飲用水，以確保飲水安全。
環保局指出，自105年1月至6月共計抽測18處井水，抽驗項目以pH值、色度、硫酸鹽、氯鹽、硝酸鹽氮、總溶解固體量、濁度、亞硝酸鹽氮、氨氮、大腸桿菌群及總硬度等10項為主，根據分析結果發現，本縣超標項目多以對人體健康有影響之污染物（硝酸鹽氮、大腸桿菌群）及影響口感適飲性之污染物（總溶解固體量、氨氮）為主，環保局除於超標之水井處張貼警告標示外，另依「環保機關抽驗地面水體或地下水體（非自來水）未符合飲用水水質標準時之處理原則」，通知水井管理人及鄉鎮公所，並請本縣自來水廠，輔導民眾接用自來水。另將水井之資料提報本縣水權主管單位縣府工務處，依水利法相關規定處理。
另環保局每月皆定期辦理自來水廠之淨水場、供水站及配水端之抽測工作，105年1月至6月共計抽測192件，檢驗分析達2,936測項，根據分析結果顯示，合格率已達99.9%，因此環保局建議民眾接用自來水為宜，切勿任意抽取地下水飲用，或將地下水與自來水混用。私人水井使用時，請注意水井要加蓋、結構完整、應確認水井遠離污染源，並定期清理水井，以確保民生用水安全。