針對房地合一課稅的申報方式，財政部北區國稅局金門稽徵所說明指出，房地合一課徵所得稅的申報方式，除了可以「人工填寫申報書」之外，亦可以透過「網路」來辦理申報，請民眾可以多加利用。
財政部北區國稅局金門稽徵所表示，房地合一課徵所得稅自今（一○五）年一月一日起施行，民眾在一○五年一月一日以後所進行交易的房屋或是土地，如果是在一○三年的一月二日以後才取得，並且持有期間是在兩年以內，或係於一○五年一月一日以後才取得者，應該依據新制所規定來計算房屋、土地交易所得或損失，並且於交易之房屋、土地完成所有權移轉登記日之次日起算，在三十日之內向稅捐稽徵機關來辦理申報程序。
而財政部國稅局為了提供更為便民地納稅服務措施，北區國稅局金門稽徵所也指出，民眾除了可人工進行填寫「個人房屋土地交易所得稅申報書」，並且於規定期限之內，併同契約書的影本、以及其他有關文件跟自繳稅款證明（有應納稅額者），向戶籍所在地的國稅局進行辦理申報之外，亦得至財政部的電子申報繳稅服務網站（http://www.tax.nat.gov.tw/）下載「個人房屋土地交易所得稅電子申報繳稅系統」，於規定申報期限內透過網路辦理申報，節省來往奔波及臨櫃等待的時間，惟申報完成後仍應於申報期限屆滿後十日內將契約書影本、自繳稅款證明及其他證明文件等寄送或送達所轄國稅局。
金門稽徵所說，民眾於執行網路申報軟體時，如果有軟體操作上或是稅務申報方面的相關問題，也可以於上班期間向所屬國稅局以及各分局、稽徵所詢問，或是可以利用國稅局免費服務專線（0800-000-321）進行洽詢。