為落實在地參加，2017金門馬拉松縣府增加1000個名額給金門籍縣民，10月16日（周日）上午9時至下午5時於縣立體育館現場報名。縣府指出，1000個名額分別為馬拉松200名、半程馬拉松600名、11.2公里路跑組200名，每位欲報名參賽者僅可報名一個項目。馬拉松組、半程馬拉松組參賽年齡限制為1948年（含）以後出生~2000年（含）以前出生者。路跑組參賽年齡限制，需為1948年（含）以後出生~2010年（含）以前出生者。
縣府強調，辦理報名作業時可由報名者本人親自前往或是委託他人代理報名，唯受委託人需年滿18歲（即出生年月日為1998年10月16日（含）前出生者），每位受委託人至多可幫4位報名，如受委託人亦為報名參賽者，合計最多可報名5人。如有受委託人代報名超過規定人數，超過之報名者將被取消報名。
縣府教育處也表示，10月16日當日上午9時開始於報名處發放號碼牌並開始接受依照號碼牌序號依序完成報名程序，領取號碼牌時須出示領取號碼牌本人之有照片證件查驗，報名參賽本人或受委託人方可領取號碼牌一張，不可代領或重複領取號碼牌，如有代領或重複領取將取消其報名資格。有拿到號碼牌者不代表一定有名額，各項目名額有限，依現場收件統計為準。
教育處指出，報名順序依現場叫號，唱號3次未到報名資料查驗處視同過號，過號之原號碼牌將失效，請重新領取號碼牌，報名時需繳交報名表、金門籍證明文件（身分證、戶口名簿或戶籍謄本擇一）影本、報名費（馬拉松$800／人，半程馬拉松$600／人，路跑組$300／人，宅配領取費用另計，僅收現金），如委託他人報名需檢附委託書。報名表及委託書表格可至中華民國路跑協會網站-金門馬拉松活動網頁下載，請事先下載填寫完成，上述資料缺一不可，缺件視同無效報名，不計入名額中，為維持報名公平性及公正性，不得以事後補件方式辦理。