針對地區分別列管的低碳島五大旗艦計畫，縣府前此特別要求負責單位，如有未能執行計畫，應研議替代方案，避免後續中央之檢討。
依環保署委託工研院調查，98年度金門縣每人每年平均CO2排放量約3.79噸，遠低於我國11.2公噸的平均值，也較全球平均4.39噸低，如能運用更創新的低碳技術與設備，讓能源利用效率達到最高，金門將有很大的機會成為零碳島。因此，對於建設金門成為低碳島，環保署提出具前瞻與挑戰性之「320減碳」願景目標，即2014年人均CO2排放量降至3公噸、2020年降至2公噸，而於2030年達0碳（碳中和）目標。
目前金門低碳島建設規劃案共提出包含「金酒低碳園區」、「資源循環與區域生質能中心」、「綠能與低碳運輸系統」、「社區改造新建與低碳建築」及「烈嶼觀光零碳島」5大旗艦計畫與「低碳樂活推動計畫」1項能力建構計畫，刻正積極推動中。
對此，環保局指出，該局已將計畫中相關局處當前所提列之困難處彙整並提送去年底行政院環保署所召開之「金門低碳島推動小組」105年第4次委員會議進行說明。
建設處則表示，106年度「社區改造新建與低碳建築旗艦計畫」之城鄉風貌整體規劃及「低碳樂活推動計畫」之太陽能熱水系統補助將提報計畫推動，餘遵照辦理。
另工務處指出，該處及自來水廠在「資源循環與區域生質能中心旗艦計畫」負責之部分，主要包括建置分區計量管網（DMA）降低漏水率、增加雨水回收應用及水回收再生處理等三項，目前依期程執行中，相關辦理情形如下：1.分區計量管網建置計畫：截至105年底設置約39處小區，其中金城地區漏水率從29.53％降低至11.81％，成效頗佳，目前依計畫持續推動。2.增加雨水回收應用：截至105年底完成區排攔水設施20處，增加蓄水量共計約22萬立方公尺。另縣府刻正辦理「金沙溪及前埔溪水資源開發計畫」，目前已進入期中報告審查階段，總蓄水量約為245萬餘噸（金沙溪180萬餘噸，前埔溪65萬餘噸），總經費約15億餘元（金沙溪12億餘元，前埔溪3億餘元），後續將儘快完成規劃，並爭取中央補助，分年分期推動實施。3.水回收再生處理：本縣5座水資源回收中心，每日處理污水量約6500CMD，截至105年底已回收用約3070CMD，目前水廠刻正辦理金城廠第二期回收工程，預定106年底完工，將剩餘放流水導送至湖尾溪及小西門等區排及水塘，透過自然淨化方式補助涵養地下水源。
至於有關教育處於104-105年執行低碳島之五大旗艦計畫│低碳樂活推動計畫之推動學校環境教育部分，確依環保署與教育部輔導計畫穩定執行中，尚未出現窒礙難行部分，今年可賡續推動，無須研議替代方案。而社會處配合金門低碳島執行辦理「低碳樂活推動計畫│綠領人才培訓」，105年度執行進度100％，已解除列管。
觀光處部分，有關該處列管綠能與運輸系統旗艦計畫內容涵蓋電動車推廣，因電動車價格高，市場接受度低，現階段大量推廣電動車於經費限制下實有推動困難，基此，觀光處已研議小金門全面汰換燃油機車計畫替代，俾增加低碳島推動亮點。
再者，行政處於去年10月曾赴經濟部工業局參加計審會議，會議結論：因本案計畫期程超出現行作業要點施行期，前述建議應待作業要點施行期程通過展延，且電動車第三期推動方案報准執行後，方有依據辦理後續審查事宜。
而有關金酒公司資源循環與區域生質能中心旗艦計畫之「生質能汽電共生廠」乙案，經台汽電公司評估結果本計畫於工程技術雖屬可行，但經濟性尚不可行│本計畫如何將電力直供金酒公司，且電價以每度4.25元計，本計畫才具有投資效益。
且早先金酒已於環保署委員會議中提出修正案，經主席裁示，因本案技術上可行，考量台電公司於金門地區發電成本每度為8元多，目前雖無法源依據可由台電公司直接向台汽電公司收購電力後轉售金酒公司，請能源局協助統籌整合各相關部門，如台汽電公司可直接售電給台電公司，亦可節省台電公司發電成本，也請環保署協助辦理，以達互惠互利目標。