偏鄉地區資源普遍不足，教育部自104年11月起推動「特色大學計畫」，編列預算補助8所偏鄉及離島大學試辦，國立金門大學試辦成效良好，連續二年獲得教育部補助1500萬元，希望藉由教育資源重新整合，協助學校教學或研究可以跟當地產業結合，帶動偏鄉的發展。
104年11月起至105年12月止，教育部擇定以位於高等教育資源較為不足縣市之國立大學校院試辦「特色大學計畫」，包括國立聯合大學、國立暨南國際大學、國立嘉義大學、國立屏東大學、國立東華大學、國立臺東大學、國立金門大學及國立澎湖科技大學等八校，金門大學試辦成效良好，106年度再次獲得教育部補助1500萬元。
　金大表示，教育部推動「特色大學計畫」旨在引導大學因應社會經濟發展及人口結構變化，依校內系所結構、教學資源、學生來源及地理環境等條件，充分發揮學校特色，以有效整合所在區域資源，帶動地方發展並希望藉由教育資源重新整合，進而協助學校找到自身定位。金門大學提報的「金大HERO養成計畫」，105年度獲得教育部補助1500萬元，今年再次獲得1500萬元的補助。金大指出，這項補助計畫，對於校務發展裨益甚多，也將有助於強化學校與金門在地連結，希望將來不只吸引台灣、東南亞及大陸的學生來學校就讀，更期盼能招收到金門本地的學生，落實教育部推動「特色化大學」之目標，使金大成為一所更優質的「特色大學」。
「金大HERO養成計畫」分為核心計畫及二個主軸：核心計畫即為「金大HERO養成計畫」，藉由「金門學概論」全面性的通識教育實施與校外服務自主學習開展，並以鼓勵學生參與兩岸僑鄉壯遊計畫、海內外志工服務隊、社區營造與活化計畫、創意創業團隊，以及特色體驗營等活動做為策略發展方向，協助學生探索自我、瞭解自我與挑戰自我，培育其國際移動力，進而服務人群，並從服務對象的需要中，反思自己的責任，務使本校所培養的學生，同時具備專業知能與人文素養，更是擁有兩岸及國際觀的優質人才，畢業就業後成為國家、社會不可或缺的中堅份子。主軸一為「金門地區知識文化中心」，成立金門地區知識文化中心的目的，在於整合區域產官學研組織等外部資源，促進地方特色閩南與僑鄉文化保存，結合戰役史蹟、建築文化資產保存利用與低碳島建構發展，藉由基礎資料收集整編、研究推廣、經營與利用，充分與區域發展結合，使本中心成為臺灣與國際研究「金門學」重要的文資資料中心；主軸一從金門學特色圖書館的建置，到軟、硬實力培訓的區域教學中心，積累金門特色資源並挹注於學生核心大能力之培育，並將資源擴散應用至城鄉與地方，擴大服務至廣大的校外學子與社區民眾，善盡大學的社會責任。主軸二為「金門地區產業創新加值中心」，為強化與產業界緊密合作機制，擴大創新思維，鼓勵教師投入區域產業整合與研發，或自行創業，促成產業品質與產能之升級，本校依據在地需求及產業特性成立三大研究中心，其分別為「酒類及農產品加工研究中心」、「養生暨長照研究中心」，以及「兩岸經貿與商務研究中心」，期使本校成為地區產業創新加值中心，共創學校與區域產業的繁榮與成長。
　金門大學的特色大學計畫由核心計畫串連二大主軸計畫，透過計畫辦公室之追蹤管考，各分項計畫之具體執行方案、詳實的實施內容、步驟時程及成效指標，在持續落實經費管控及成效考核下，實質提升學生的各項軟硬實力，使之成為能面對未來全球化競爭與挑戰、有能力提出問題、分析問題並解決問題的優質學生。同時，透過特色大學計畫將金大的研究能量與成果澆灌於地方產業，促進學校、區域、兩岸與僑界良性互動，形成正面向上的良性循環，打造永續經營發展且富有金門當地特色的獨特大學，並朝區域與國際間著名的特色精緻大學大步邁進。