為提高獎補助以鼓勵特殊教育學生品學兼優或有特殊表現者，金門縣政府依特殊教育法相關規定訂定「金門縣特殊教育學生獎補助辦法」一種，並業經縣務會議審議通過，將依行政程序公佈後即開始實施；其辦法共有十一條條文，主要條文內容披露如后：
「金門縣特殊教育學生獎補助辦法」法源依據特殊教育法第三十二條第三項及第四十條第三項規定訂定之；在其辦法所稱特殊教育學生，指就讀金門縣政府所屬國民教育階段之身心障礙及資賦優異學生。
至於辦法所稱「身心障礙學生」，指領有身心障礙證明或手冊及經金門縣特殊教育學生鑑定及就學輔導會鑑定通過，並取得特殊教育身分者。另所稱「資賦優異學生」指經本縣鑑輔會鑑定符合特殊教育法第四條所定之各項資賦優異資格者。
特殊教育學生符合下列情形得申請獎學金，內容有：
一、身心障礙學生前一學年學業總成績平均在八十分以上，品行優良，經教師推薦。
二、資賦優異學生具備下列條件之一者：
1、參加政府機關或學術研究機構舉辦之全國性或國際性展覽、展演、評選或競賽，表現優異，獲得前六名或相當前六名之獎項。
2、獨立研究成果優異，且刊載於具審查機制之刊物。
另，特殊教育學生符合下列情形並經學校推薦者，得申請補助金：
1、身心障礙學生前一學期學業總成績平均在七十分以上未滿八十分，品行優良，經教師推薦。
2、資賦優異學生參加政府機關或學術研究機構舉辦之國內外區域性展覽、展演、評選或競賽，表現優異，勇得前三名或相當前三名之獎項。
特殊教育學生獎補助辦法所定的獎補助之類別、金額及名額由縣府另定之。至於未領有身心障礙證明或手冊，經本縣鑑輔會鑑定通過並取得特殊教育身分者，其獎補助金額，比照其他障礙類別輕度等級規定辦理。
獎補助審查標準依各教育階段所有申請學生之學習領域分數高低排序至額滿為止；如遇學習領域分數相同時，再依日常生活表現評量排序。如果，特殊教育學生同時具備辦法第三條及第四條所列各款目條件者，應擇一申請；已依其他規定領取政府提供與本辦法規定同性質申領資格之獎補助金者 ，不得再依本辦法申請獎補助金。
特殊教育學生獎補助辦法也規定申請特殊教育學生獎補助金者，應檢具申請書、成績證明及相關證明文件，於每年十月三十一日前，經就讀學校向縣府提申請（申請由縣府別定之）；其申請案審核結果，由縣府通知學校，其核准發給獎學金或補助金者，請學校公開表揚並轉發申請人。
另，國民教育階段特殊教育學生符合下列條件之一者，得準用本辦法提出申請：
1、經本縣鑑輔會安置就讀於國內公、私立特殊學校。
2、設籍金門縣滿三年以上，且於民國一百零五年七月三十一日前已就讀國內公、私立特殊學校之國民教育階段之學生。
此外，特殊教育學生獎補助辦法說明指出，民國一百零五年以前因相關轉安置制度尚未明確規定，轉安置至台灣就讀之特殊教育學生係以專案處理方式；另辦轉介至欲就讀學校之縣市辦理鑑定，相關鑑定安置資料僅呈現最後鑑定方資料，不易判定是否係經由本縣鑑輔會轉介，為不影響原符合舊制規定之學生權益，另定準用規定。