金門地區受限於水文及地文條件，使水資源供應成為產業發展之瓶頸，為因應產業轉型效應、土地利用及社經環境快速變化，金門縣政府陸續完成海淡廠、水庫興建及截水系統興建與湖庫更新改善等工作，使過去主要產業用水尚可維持供需平衡。惟因金門地區水環境條件不良，導致近年出現湖庫水量不足與水質不佳、用水需求不斷上升及地下水需減抽保育等問題。為此，縣府也提出水環境建設計畫，縣長陳福海並多次赴中央爭取前瞻經費，以改善金門水資源問題。
　針對金門用水問題，經濟部乃成立專案小組研提「金門地區整體供水改善綱要計畫」，陳報行政院核定後據以推動實施，畢竟水電基礎建設，攸關金門整體發展與未來願景之實現，影響深遠，應列為重點，積極推動。未來期望透過多面向之多元水源開發與地下水保育、節約用水、湖庫水質改善、供水設施更新改善及等策略之實施，讓金門地區供水妥善獲得改善。
　在改善策略方案上，前開綱要計畫擬定「多元水源開發利用」等5大策略，並訂定於110年目標年後，達成地下水不超抽及自有水源75%以上等目標，以確保供水水質、水量滿足金門地區未來發展需求，並可保育地下水，解除影響金酒等產業發展之威脅。
　其中「多元水源開發利用」之水源經評估可行策略為興建大型海淡廠或自大陸引水，惟因離島地區之海水淡化仍屬高耗能之設施，現階段之成本仍遠高於大陸引水，故於經濟及期程等因素評估後，仍優先推動「金門自大陸引水計畫」。
　金門自大陸引水計畫方面，兩岸通水計畫自1995年即開始進行相關基礎調查工作，歷經海峽兩岸20餘年之研究論證與攜手合作下，突破種種困境，終於在2015年7月20日完成購水契約之簽訂。惟商談過程因水價及成本等議題，遲遲未能達成共識，不過透過於2015年5月24日安排中國國台辦主任張志軍與台灣陸委會主委夏立言在金門舉行「夏張會」，藉由兩岸高層之會談，釋出利多消息。另外在104年第六次技術商談時關鍵的水價談判與磋商，把103年第五次技術商談的2.75元人民幣，調降至2元人民幣左右之價位，如以購水契約30年估算，約節省新台幣10幾億元的水價支出。
　完成購水契約之簽訂後，讓兩岸雙方有所依據各自開展供水工程，金門縣自來水廠亦在104年12月30日完成海管工程之發包與決標，目前海管工程按進度施作中，期間雖因立法院預算審議附帶決議「不得僱用大陸船機與技術人員」，致海管工程進度一度受阻延宕，惟經地方積極與立法院及中央相關單位溝通協調，並在縣籍立委楊鎮浯大力協助下，亦順利取得立法院同意本案「專案核准大陸機具及技術人員，協助參與興建引水工程」。
　目前海管工程積極進展施工，最快107年即可通水；未來前三年每日一點五萬噸、第四至六年每日二萬噸、第七至九年每日二點五萬噸、第十年以後每日三點四萬噸，預期可確保金門地區中長期發展用水所需，其餘島內配合工程包含海管、受水池、導水管、淨水場、配水管線等，均按進度積極推動中。
　至於金沙溪等水資源開發及水利建設方面，金沙溪流域上從太武池經龍陵湖，循光前溪暨斗門溪而至榮湖與金沙水庫，集水面積廣大約有20平方公里，水資源豐沛，年逕流量初估約計5百萬噸，除了下游之榮湖及金沙水庫及農塘等可攔續雨水約120萬噸外，其餘大雨滿庫時即溢流出海，殊為可惜。因此，金門縣政府積極針對太武山周遭包括金沙溪及前埔溪等流域，再設置攔蓄水設施，以有效蓄存地區珍貴之地表水資源。
　金沙溪流域目前規劃於田墩養殖池及戰備池（公有地約50公頃）新設蓄水池，前埔溪流域則於前埔溪左岸及田埔水庫上游，適時引入各流域剩餘之水量，減少溢流浪費，且金沙蓄水池可兼顧滯洪防汛功能，亦可收集上游金沙水庫集水區外之逕流，提高地表水資源利用率。本計畫亦已納入行政院「前瞻基礎建設計畫」框列14.85億元，目前已至期末規劃階段，後續將持續辦理規劃及設計，並分期分年向中央爭取經費補助辦理，以有效改善本縣長久以來之水資源問題。
　此外，因金沙溪流域為金門縣最大之集水區，其下游匯流水量極大，附近低漥地區常發生水患，其淹水主因為環島北路之金沙二號橋樑底過低，與下游金沙水庫鋸齒堰堰頂僅有10公分之差距，每逢大雨即造成溪水在橋下迴壅溢淹至低漥農田，中央經濟部水利署第八河川局（以下簡稱八河局）雖曾於101年度爭取中央經費補助辦理發包，惟因地方抗爭等因素致工程於102年5月23日終止契約。
　有鑑於金沙二號橋樑底過低實為淹水主因，如不抬高拓寬，幾十年之淹水問題依然無解，爰金門縣政府多次再跟地方溝通後，於104年底取得與金沙水庫增設閘門併行推動之共識（水庫閘門工程雖已招標，惟經濟部審議要求調整閘門位置，案正修正設計中），重新於105年爭取中央同意補助4,200萬元併同道路工程辦理橋樑抬高及拓寬改善，同時藉由增設閘門降低水庫水位，增加滯洪空間，徹底解決金沙溪之淹水舊疾。
　另針對金沙水庫堤北（第一富康農莊）之排水問題，亦於105年爭取中央補助2,100萬元，完成容量約20萬噸之滯洪池，搭配堤南（第二富康農莊）及七、八工區之二座抽水站，有效改善金沙溪流域之水患問題。
　而在放流水回收再利用方面，金門縣計有金城、太湖、榮湖、擎天及東林等5座水資源回收中心，每日處理污水處理量共約6千餘噸，約佔自來水廠每日供水量之30％，放流水符合二級排放標準，如有效回收再利用，除可減少供水壓力外，亦可降低地下水之取用。
　之前太湖場之排放水已可輸送至后壟溪上游，透過自然淨化方式涵養地下水源，並提供下游農試所休閒農場及林務所花木澆灌使用；另榮湖污水場於排放口下游設置人工濕地，透過人工濕地淨化水質，間接提供附近灌溉使用。擎天污水場排放水則輸送至太武苗圃，提供林務所花木澆灌使用。
　目前放流水量最大之金城場每日約有4千餘噸，水廠已於105年2月完成第一期工程，將600餘噸之放流水抽送至延平花海及後豐港等地之農塘作為澆灌使用，減少自來水與地下水之抽取。第二期工程則爭取105年之離島建設基金補助3千萬元辦理，工程水廠已發包施作，預計於106年底完工，未來可將剩餘3千餘噸之放流水抽送至湖尾溪及小西門等農塘放流補注，湖尾溪周遭區域其地質及入滲條件較佳，為適合之潛在地下水補注區，未來可透過自然淨化方式補注涵養地下水源。
　縣府表示，未來引進大陸水源後，短期內在水資源供應上將獲得較大改善。但為確保自有水源之供應能力，地區仍應持續進行水資源開發與管理，並透過加強集水區保育治理、湖庫水質改善與整治、自來水設施更新改善、提升湖庫利用率、地下水管理與節約用水等措施，以改善整體用水效率，提升自有水源之供水能力，同時採多元化方式開發新水源，以期穩定及因應地區用水需求，是為日後努力目標。