2017年度頒發獎助學金典禮，會館董事與獲獎的學生們合影。

2017年1月董事會議上，蔡其生主席宣布會館將改革現有的獎學金制度，將之整合，重新命名為金門會館獎學金基金，同時成立200萬元獎學金基金，希望壯大的基金能激勵更多我鄉親優秀學子們努力奮發。金門會館設立獎學金的歷史可以追溯到1965年，由時任主席的黃祖耀發起並獻捐2萬元作為獎學金的首倡，董事們紛紛跟進，歐毓章1萬元，蔡普中5000元，王尚志、陳永福、黃鍾榮等各捐2000元，陳清吉1000元，李朝成100元。1966年鄭樹顒、翁贊商各捐3000元，黃卓美、李炎涯、恆通公司、蔡有祿、張允中、王濟堂各捐2000元，呂水溝、許天福各捐1000元，洪水才、陳國礎、歐振隆各捐500元，吳西川、吳昭忠、陳錫奎各捐300元。1967年金中捐1萬6000元，金南2000元，王遙望300元。1969年金門輪船公司4580.10元，陳嘯天畫展捐2297.12元，蔡曉東500元。
1968年召開的董事會上決議獎學金名額暫定4名，申請以一次為限，每人可得1000元。同年首次頒發大專獎學金。會館籌募獎學金的工作依然持續，1972年李永文捐1000元。1976年許燕穆捐3000元。1977年蔡有祿為子授室移賀儀3140元，黃卓極3000元，李氏基金1000元。1978年林甘和捐1000元，李氏基金1000元。 南洋商報資料顯示，截至1978年，金門會館共頒發獎金予47名學生，總金額達47,000元。1984年刊登於南洋商報的金門會館申請獎助學金通告，顯示會館已擴大獎學金的申請範圍至大學、學院及中學。80年代起，會館收到幾筆款額較大的捐款，並設立冠名獎助學金。1986年吳光枰家屬捐獻10萬元（吳光枰中學助學金），1990年黃木榮捐獻15萬元（黃木榮大專助學金），1991年黃卓極捐12萬元（黃卓極大專獎學金），2002年陳素嫻家屬捐獻5萬元（陳素嫻中學助學金）。截至2016年12月31日止，金門會館獎學金基金資產達575,799.07元。
獎學金基金自1965年設立以來，捐款都寄存在銀行的定期存款，衍生的利息則用來支付所頒發的獎助學金。當銀行給付的利息高時，以利息支付獎學金不成問題，可是過去這些年來，新加坡銀行的定期存款利息很低，獲得的款額根本不足以支付每年所頒發的獎助學金。為了避免動用獎助學金基金的母錢，2004年主席黃祖耀捐獻10萬元以填補不敷的款額。過去數年來會館所頒發的獎學金雖然還是以冠名先賢的名譽頒發，款額實際上是由黃祖耀主席所獻捐的10萬元中扣除，目前這筆錢只餘4萬元。
蔡其生主席在2016年上任後指示董事會儘速處理會館獎學金基金的問題，經過多次與獎助學金冠名先賢家屬的溝通，終於獲得大家的支持。2017年1月董事會上決議批准整合獎學金基金，所有冠名的獎助學金將統一成「金門會館獎學金」，以後，獎學金不再以各捐贈人的名義單列，而是把他們列為金門會館獎學金的捐贈人，並列在獎學金基金名下，往後如果有更多鄉親或有志之士捐款，也將等同處理。董事會上也批准從會館活動基金撥出100萬元納入獎學金基金。
會館董事與鄉親重視金門子弟的教育事務，一路走來始終如一。整合後的金門會館獎學金基金得到董事們熱烈的響應，目前基金已經募得款項713,000元（如列表）。現在獎學金基金已超過200萬元，突破會館初步所設定的目標。前文已述，自80年代起的幾筆捐款金額較高，而且是冠名紀念，這或許給人錯覺，以為非如此不好捐款。蔡其生主席表示，本次整合獎學金之後，會更具伸縮性，也更具開放性，有志之士不論金額，無須名目，皆可對獎學金基金進行捐助。如此，即可廣開善源，希望將來有更多的捐款者，增加獎學金的款額，讓金門會館獎學金基金繼續造福更多的鄉親子弟。