隨著離島運動會階段性任務的完成，且考量離島人力、物力、財力、交通等各項因素，金馬澎三縣於今年6月召開「107年離島運動會研商會議」，會中也敲定未來「離運」的舉辦方式，將透過各單項運動項目交流和三離島縣都有舉辦的馬拉松賽來取代離島縣運動會。
對此，縣長陳福海表示，離島運動會既已定調採特定項目運動交流，便應全力支持辦出質感來，並可以附辦各種型式、議題的座談會，藉以帶動離島縣更多的交流機會。
縣府教育處指出，民國95年間為發展全民體育運動，促進離島體育文化及各項產業交流，離島縣聯合運動會由金門縣、連江縣及澎湖縣自95年開始輪流主辦，自95年起先由本縣辦理首屆賽會，97年由連江縣辦理第二屆賽會，99年由澎湖縣辦理第三屆賽會，101年再次輪由本縣續辦第四屆賽事，本縣相關經費如體育場所報辦理成效，每隔2年配合縣運持續輪流辦理，期能藉離島縣彼此體育活動交流，導向刺激離島觀光產業發展，終極目標促使中央重視離島權益，達到與台灣本島同等質量之發展。
而現今情況因三縣均可透過離島區域合作平台交流各項業務；且中央每年均辦理全中運、全國運或全民運及各項運動會，三縣均派代表隊參賽，交流機會甚多。再加上各離島間交通往來不如來往本島方便，辦理離島運動會交通費支出極為龐大，一旦受天候影響，也常會影響賽事進行。
綜觀這些不確定因素，再衡酌三縣皆已各辦理兩次離島縣運動會，計六屆12年，原辦理之目標已達成，而隨著時空改變，為免投入大量人力資源而未有等量收穫，縣立體育場於今年6月遂提出自107年起停止辦理離島運動會之議，並召開協調會與澎湖、馬祖共商討論。
會中，連江縣政府教育處長陳冠人以金馬澎三縣連成一氣相互幫忙，力道更強，對爭取離島權益絕對有幫助，因此，他建議離島運動會能延續，但也尊重金門縣政府決定。
澎湖縣政府教育處體健科長陳雅香則傳達澎湖縣長尊重承辦縣意願的意思，並強調辦運動會花費經費多，但中央補助少，建議朝減少競賽項目或改變方式，如馬拉松賽交流都可以。
金門縣政府教育處長李文良則表示，以單項錦標賽或邀請賽方式替代離島運動會較好。最終，也順利拍板，金馬澎三縣離島運動會階段性任務完成，107年相關賽事開始「變奏」，未來將透過更多單項運動賽事，由更有亮點、更聚焦的運動賽會交流來取代兩年一屆的離島三縣運動會。