教育部107年度對金門大學的補助款比去年度增加1.3億餘元，將使金門大學得以有更多的資源邁向卓越頂尖，金大特別感謝各界人士的協助支持，並將善用經費進一步提升教學研究品質，打造一流的教研環境。
　金大發布新聞稿表示，金門大學自99年改制大學以來，學生人數及師資員額成長快速，但以往教育部補助款的增幅有限，因此每名學生的人均補助款低於台灣一般的國立大學。近幾年，金大師生在既有資源之下，表現亦獲得教育部肯定，在106年度的教育部校務評鑑中，所有項目都獲得通過，是受評學校當中少數獲得全項通過的大學。但金門大學要邁向卓越頂尖，仍需再增加經費資源的挹注，因此金門縣議員陳滄江委請民進黨籍立委蘇巧慧積極協助，於106年2月偕同金大校長黃奇及副校長陳建民向教育部長潘文忠說明金門大學的校務發展及經費狀況，潘部長也支持提高對金門大學的補助款。另外，立委楊鎮浯亦在5月份的立法院質詢中，要求教育部改善對金門大學的補助。同時，各地的金門鄉親及金大的師生也期盼金門大學有更多的資源發展校務，至少要拉近與台灣一般國立大學的人均補助款。
　金大指出，學校除了有教育部的補助之外，歷年來均獲得金門縣政府及金門縣議會的支助，同時還有許多海內外金門鄉親的捐資興學，未來仍需要各界人士的鼎力支持，金大師生會更加努力，以成就卓越優質的高教學府。