為維護慈湖國家級濕地具豐富的生物多樣性，金門國家公園委託林幸助團隊進行調查成果，發現慈湖東西側孕育不同習性之魚蝦貝類，將加強宣導並透過後續經營管理以達到生態資源永續發展。
金門的慈湖國家級重要濕地擁有豐富且多樣之生態資源，除每逢春秋過境、夏季繁殖及冬季渡冬的候鳥外，此區豐富之魚蝦貝類亦為當地漁民提供重要之生計來源。為維護慈湖生物資源生生不息，金門國家公園於105-107年委託國立中興大學林幸助教授研究團隊進行一系列之生態調查。
根據林幸助教授研究團隊調查顯示，慈湖東西側具有截然不同之棲地環境，故亦孕育不同習性之魚蝦貝類。慈湖西側鄰近水閘門，常可見黃鰭鯛、四帶牙魚剌等隨潮汐進入之魚類；強勁之水流及砂底質則使得螺貝類資源豐富。慈湖東側由於淡水溝渠排入，上游農業與畜牧污水帶來之營養與有機質使許多魚蝦聚集於此；加上水深度較淺之環境，而成為雁鴨、鷺科等水鳥偏好之覓食、休憩區域。然而，此區底質泥濘、缺氧且水體交換不良，尤其每年冬末春初常有大量綠藻覆蓋湖面，可見過多之營養已導致優養化。
為避免水質持續劣化造成生物資源減少，金門國家公園依研究建議自106年1月起，利用水閘門提升慈湖之換水頻率，以期達到營養（溶解性無機氮）稀釋之效果。至107年7月，除慈湖東南側溝渠口外，其他區域之營養較初期約下降60%~92%，具明顯之改善成效。另一方面，水流增強亦減輕部分區域之底質缺氧程度，並有利於貝類在慈湖內著生，故於慈湖東側發現之貝類種類與數量均逐漸增加。
在慈湖西側，每年4-9月可見許多漁民採集二枚貝類，如石蚵、西施舌、文蛤、竹蟶、臺灣環簾蛤、菲律賓簾蛤等。其中菲律賓簾蛤，即俗稱之海瓜子，為現今慈湖傳統漁法「摸蚶」之主要目標。菲律賓簾蛤多集中於砂底質且水流較強之慈湖西側；愈近東側則底質越泥濘，簾蛤數量越少。每年9~11月為菲律賓簾蛤之主要繁殖期，因此翌年春季可見許多新生幼貝加入。菲律賓簾蛤具生長快速、廣鹽、廣溫與離水存活率高之特性，而為重要之水產經濟資源，然迄今慈湖之簾蛤資源量正日趨減少。研究團隊認為夏季高溫、鹽度驟變可能造成此現象之原因。為達成濕地資源明智利用之目標，除棲地環境改善外，建議每年9~11月應盡可能避免採捕以利於菲律賓簾蛤繁殖；而採集之簾蛤殼長應大於3.1公分，以確保其至少繁殖1次以上。
金門國家公園表示，為維護慈湖國家級重要濕地之生物多樣性，未來將加強宣導，並透過後續經營管理以達到生態資源永續發展。