烈嶼通勤專區停車位有限，有長期需求者可停放水頭港警所對面及新港區西堤一側（圖中黃框）。（許峻魁攝）

位於水頭港區入口旁的「烈嶼通勤專區」，因專區停車位不足問題，造成有需要的小金門鄉親常常找不到停車位，港務處表示，將依規定落實「記點制」，違規者取消資格；並加強取締冒用車證及車輛違停等情事，並檢討證件核發規定。為此，金門縣港務處特別針對專區提出說明。
針對民眾反映水頭碼頭烈嶼通勤專區停車格位不足問題，港務處說明如下：
一、原先設置通勤專區之原意，為便於往返大小金門上班工作之民眾，減少因停車問題衍生趕不及船班之情事，規劃該區服務通勤之民眾，故稱之「烈嶼通勤專區停車場」。
二、目前西半島多功能碼頭施工區域，係原為「碼頭裝卸區」，該區域並非停車場範圍，因此該區施工並不會影響原有停車場，民眾之前違停車輛於碼頭裝卸作業區，誤以為停於停車場內，港務處對此提出說明。
三、烈嶼停車場共計規劃有一百四十四位停車格提供往返大小金鄉親作為通勤使用，迄今核發八百十八張停車證，民眾常常反映車位數不足。經港務處今年一至三月巡查統計（迄今持續巡查統計），停留三天以上之車輛比例為38%（五十二輛），停留七天以上之車輛比例為13%（二十輛），顯示車位數不足之主因係車輛停放過久（停留三天以上），衍生滯留率高，流動率低之情形，導致車位一位難求狀況。
四、經查「金門縣港務處水頭碼頭烈嶼通勤專區停車管理要點」七條第五項，若車輛停放超過二日（不含六日）、四日（包含六日）出場者，採用記點制，累計達三次者取消專用停車證使用資格，同一申請人及申請車輛一年內不得再申請。為改善其滯留狀況，維持原使用目的，港務處將落實執行該項規定。
五、港務處強調除落實執行上述規定，另請停管人員加強於今年三月至五月宣導，倘若有車輛停放超過二日或長期停放需求之鄉親，可選擇於水頭港警所對面D區（二十三格免費停車位）停放或新港區西堤一側，（約五十格免費臨時停車區）。新港區另增設約一百格免費停車位（預計六月份完成），同時加強取締冒用車證及車輛違停等情事，以提高烈嶼通勤專區停車場周轉率及解決車輛長期停放問題。港務處亦將重新檢討烈嶼通勤專區停車場之證件核發規定，及研議導入RFID與車牌辨識系統，提昇管理效率，恢復原來烈嶼通勤專區停車場之規劃使用目的。