為辦理金門縣宗教財團法人之設立許可及監督事宜，金門縣政府特依民法有關規定訂定「金門縣審查宗教財團法人設立許可及監督要點」並發布施行，符合捐助章程所定目的、宗旨及業務項目，以傳布宗教教義或促進宗教發展為主；捐助章程所定財團法人名稱，足以識別以傳布宗教教義或促進宗教發展為主要目的、宗旨要件者，得向縣府申請設立宗教財團法人。
宗教財團法人以捐助基金（現金）方式設立者，其捐助之財產須足以達成設立目的，基金（現金）財產總額最低為新臺幣二千萬元；以捐助不動產方式設立宗教財團法人者，在金門縣至少應具有不動產一筆（含土地及建築物）以上，各該土地以當年公告土地現值、房屋則依稅捐稽徵機關核發之稅籍證明所載房屋現值計算之，不動產價值應不得高於財產總額之二分之一，合計財產總值達新臺幣二千萬元。
申請宗教財團法人設立許可，應備具相關文件，有下列情形之一者，依民法第五十九條規定不予許可，已許可者，依民法第三十四條規定撤銷或廢止之：（一）、設立目的、宗旨非以傳佈宗教教義、促進宗教發展為主或不合公益。（二）、設立目的、宗旨或業務項目違反法令、公共秩序或善良風俗。（三）、捐助財產未承諾或未依承諾移轉為宗教財團法人所有。（四）、業務項目與設立目的、宗旨不符合。（五）、經辦之業務以營利為目的。（六）、捐助財產總額不足以達成設立目的及業務宗旨。（七）、其他違反法令規定事項。
許可設立後，有下列情形之一者，縣府得予糾正並限期改善，屆期不改善者，本府得依民法第三十四條規定廢止其許可，並通知法人登記之法院：（一）、違反法令、捐助章程或遺囑。（二）、管理、運作方式與設立目的、宗旨不符。另，董事或監察人，不遵守縣府監督之命令，或妨礙其檢查者，縣府得依民法第三十三條第一項規定處以五千元以下之罰鍰；違反法令或章程，足以危害公益或法人之利益者，縣府得依民法第三十三條第二項規定請求法院解除其職務，並為其他必要之處置。
另外宗教財團法人經董事會依捐助章程決議解散、經縣府撤銷、廢止許可或經該管法院宣告解散者，應即依民法及非訟事件法等相關規定辦理解散及清算終結登記。宗教財團法人解散後其賸餘財產之歸屬，依民法第四十四條規定應依其章程或遺囑之規定。但不得歸屬任何自然人或營利團體。章程或遺囑未規定者，其賸餘財產應歸屬其住所所在地之地方自治團體。