金門縣政府積極改善小三通設施與動線空間，以提升通關效率及服務品質。
近年來小三通旅次逐年增長，去（107）年達190萬餘人次。隨著縣府觀光推介越具成效，今（108）年累積至6月底更已達106萬餘人次；相較去年，增長約計20%，預估今年小三通航線年旅運量將突破200萬人次。
為提升旅客服務品質，縣長楊鎮浯自上任後，多次於主管會報指示，務必要提升小三通相關服務品質，因為這是觀光客蒞金接受通關服務的重要站點，服務品質不好，勢必影響遊金印象，也將進一步衝擊地方觀光業及重要產業發展。
　楊縣長也於今年年初及陸方五一長假期間，兩次視察水頭場站通關動線和秩序，協調免稅業者調整櫃位，挪出空間，並當場指示擴增出境查驗等候空間；後經金門縣港務處研析，在有限條件下取得最大服務空間，爰規劃將出境動線3組人工查驗櫃檯後推，以便增加一倍查驗等候空間，並配合辦理相關改善工程作業。
　金門縣港務處也指出，為有效改善旅客通關驗證速度，縮短旅客等候查驗時間，縣府前已主動與移民署研商規劃、增設出入境查驗櫃檯數量，並同意補助移民署新台幣1,500萬元辦理通關設施改善工程，將調整現有入境查驗櫃檯並增設4組人工櫃檯及3座出境自動查驗閘門（f-Gate）。新增的電子查驗設備，於大陸旅客入境時，可錄存影像及指紋，並於出境時自動查驗，加快通關速度。改善工程作業刻正進行中，預計於今（108）年12月完工。
港務處指出，上開工程完工後，入境每班船查驗時間由原來的23分鐘，預估縮短為15分鐘，另出境每班船查驗時間由原23分鐘，預估縮短為10分鐘，有效提升查驗能量，減少旅客等候時間。
港務處表示，在水頭旅運通關大樓尚未完工啟用前，希冀藉由增設4組人工查驗櫃檯、3座自動查驗閘門（f-Gate）及有關櫃檯、空間及動線調整，能有效改善通關效率，提高旅客服務品質，以迎接持續穩定成長之小三通旅客。