每年五月份房屋稅開徵後，部分納稅義務人因為稅賦變動，或有增加負擔者，於開徵期或開徵後，均會透過不同管道向金門縣稅務局反映；稅務局在瞭解事實狀況後，在第一時間提出說明。稅務局表示，由於金門縣房屋稅率、標準單價及地段率，考量經濟景氣，這幾年並無調整，目前亦無調整之計畫。因此，有增加房屋稅負擔者，應該是房屋用途改變，適用不同稅率；或是房屋因改建、增建，致增加房屋面積者。
金門縣稅務局指出，依據金門縣房屋稅徵收細則第九條規定：「房屋稅籍資料，每年辦理清查一次。」且依財政部函頒「維護租稅公平重點工作計畫」規定，每年稅務局均會訂定「房屋稅籍及使用情形清查計畫」，以針對區域內新、增、改建房屋、房屋使用情形、房屋稅減免案件、房屋適用稅率等為清查重點，以遏止逃漏稅，並維護租稅之公平。因此，稅務局每年辦理房屋稅籍清查係屬年度例行性工作，尚請鄉親體諒支持。
稅務局表示，目前房屋稅率，其使用情形為「自住用之住家」為1.2%，若為「非自住用之住家」為1.5%，而「營業用之非住家」之房屋稅率為3%。唯稅務局也指出：金門現有很多傳統建築，因折舊關係，目前大部分房屋現值已經低於十萬元以下，若係作為住家使用，依稅法規定，是免徵房屋稅。若納稅義務人將房屋申請作營業使用，如申請菸酒牌或有些傳統建築修建後作為民宿使用，因經營民宿，則並非作為住家使用，其房屋現值雖低於十萬元，仍應恢復課徵房屋稅，且稅率會從「自住用之住家」為1.2%，調整為「營業用之非住家」房屋稅率3%，提醒鄉親特別注意。
稅務局為核對是否有營業事實？並計算實際房屋面積，避免誤課房屋稅，影響納稅義務人權益，稅務人員現場丈量確有必要，請鄉親諒解。簡單的說：「住家用房屋，『房屋現值』折舊後在10萬元以下，免房屋稅。」「老房子若修建並作為營業用之民宿、或有菸酒牌，已非住家，不論『現值』多少？均應重新丈量，計徵房屋稅。」
稅務局表示，依據民宿管理辦法申請登記而作民宿使用者，若符合客房數五間以下，客房總面積不超過一百五十平方公尺以下，及未僱用員工，自行經營情形下，將民宿視為家庭副業，得免辦營業登記，改按非自住用房屋稅1.5%改課房屋稅，較一般做自住用之房屋稅率1.2%高0.3%，若民宿規模超過上開規定或以辦理營業登記之民宿，則按營業用房屋稅率3%課徵房屋稅，故並非所有申請傳統建築補助修繕之房屋，均恢復課徵房屋稅，請鄉親放心。
稅務局指出，為核對房屋稅籍資料並維護租稅公平正義，對於另有增、改建及擴大使用面積情形者，亦會發函通知改課，鄉親對稅務問題，歡迎撥打325197分機301、305、308、311、312、313。